Abstract

To improve the imaging performance of optical projection tomography (OPT) in live samples, we have explored a parallelized implementation of semi-confocal line illumination and detection to discriminate against scattered photons. Slice-illuminated OPT (sl-OPT) improves reconstruction quality in scattering samples by reducing interpixel crosstalk at the cost of increased acquisition time. For in vivo imaging, this can be ameliorated through the use of compressed sensing on angularly undersampled OPT data sets. Here, we demonstrate sl-OPT applied to 3D imaging of bead phantoms and live adult zebrafish.

Published by The Optical Society under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 License. Further distribution of this work must maintain attribution to the author(s) and the published article's title, journal citation, and DOI.

Full Article  |  PDF Article
OSA Recommended Articles
In vivo fluorescence lifetime optical projection tomography

James McGinty, Harriet B. Taylor, Lingling Chen, Laurence Bugeon, Jonathan R. Lamb, Margaret J. Dallman, and Paul M. W. French
Biomed. Opt. Express 2(5) 1340-1350 (2011)

Remote focal scanning optical projection tomography with an electrically tunable lens

Lingling Chen, Sunil Kumar, Douglas Kelly, Natalie Andrews, Margaret J. Dallman, Paul M. W. French, and James McGinty
Biomed. Opt. Express 5(10) 3367-3375 (2014)

Mesoscopic in vivo 3-D tracking of sparse cell populations using angular multiplexed optical projection tomography

Lingling Chen, Yuriy Alexandrov, Sunil Kumar, Natalie Andrews, Margaret J. Dallman, Paul M. W. French, and James McGinty
Biomed. Opt. Express 6(4) 1253-1261 (2015)

References

  • View by:
  • |
  • |
  • |

  1. J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
    [Crossref]
  2. H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
    [Crossref]
  3. J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
    [Crossref]
  4. D. S. Richardson and J. W. Lichtman, Cell 162, 246 (2015).
    [Crossref]
  5. J. McGinty, H. B. Taylor, L. Chen, L. Bugeon, J. R. Lamb, M. J. Dallman, and P. M. W. French, Biomed. Opt. Express 2, 1340 (2011).
    [Crossref]
  6. R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
    [Crossref]
  7. S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
    [Crossref]
  8. T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
    [Crossref]
  9. N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
    [Crossref]
  10. S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
    [Crossref]
  11. F. Stuker, J. Ripoll, and M. Rudin, Pharmaceutics 3, 229 (2011).
    [Crossref]
  12. C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
    [Crossref]
  13. V. Y. Soloviev and S. R. Arridge, Biomed. Opt. Express 2, 440 (2011).
    [Crossref]
  14. A. Bassi, D. Brida, C. D’Andrea, G. Valentini, R. Cubeddu, S. De Silvestri, and G. Cerullo, Opt. Lett. 35, 2732 (2010).
    [Crossref]
  15. E. Kristensson, E. Berrocal, and M. Aldén, Opt. Express 20, 14437 (2012).
    [Crossref]
  16. T. Breuninger, K. Greger, and E. H. K. Stelzer, Opt. Lett. 32, 1938 (2007).
    [Crossref]
  17. J. Bioucas-Dias and M. Figueiredo, IEEE Trans. Image Process. 16, 2992 (2007).
    [Crossref]
  18. Q. Miao, J. Hayenga, M. G. Meyer, T. Neumann, A. C. Nelson, and E. J. Seibel, Opt. Lett. 35, 3363 (2010).
    [Crossref]

2017 (1)

N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
[Crossref]

2016 (1)

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

2015 (3)

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

D. S. Richardson and J. W. Lichtman, Cell 162, 246 (2015).
[Crossref]

2012 (1)

2011 (3)

2010 (2)

2008 (2)

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

2007 (3)

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

J. Bioucas-Dias and M. Figueiredo, IEEE Trans. Image Process. 16, 2992 (2007).
[Crossref]

T. Breuninger, K. Greger, and E. H. K. Stelzer, Opt. Lett. 32, 1938 (2007).
[Crossref]

2004 (1)

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

2002 (1)

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Ahlgren, U.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Aldén, M.

Alexandrov, Y.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

Andrews, N.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Arridge, S.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Arridge, S. R.

Baldock, R.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Bassi, A.

Becker, K.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Berrocal, E.

Bioucas-Dias, J.

J. Bioucas-Dias and M. Figueiredo, IEEE Trans. Image Process. 16, 2992 (2007).
[Crossref]

Bourque, C.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Bowman, T.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Brandner, S.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

Breuninger, T.

Brida, D.

Bugeon, L.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

J. McGinty, H. B. Taylor, L. Chen, L. Bugeon, J. R. Lamb, M. J. Dallman, and P. M. W. French, Biomed. Opt. Express 2, 1340 (2011).
[Crossref]

Burke, C.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Burns, C. E.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Campbell, N. R.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Ceol, C.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Cerullo, G.

Chen, L.

Correia, T.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Cubeddu, R.

D’Andrea, C.

Dallman, M. J.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

J. McGinty, H. B. Taylor, L. Chen, L. Bugeon, J. R. Lamb, M. J. Dallman, and P. M. W. French, Biomed. Opt. Express 2, 1340 (2011).
[Crossref]

Davidson, D.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

De Silvestri, S.

Deininger, K.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Del Bene, F.

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

Deussing, J. M.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Dodt, H. U.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Dovey, M.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Eder, M.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Ellis, M.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

Figueiredo, M.

J. Bioucas-Dias and M. Figueiredo, IEEE Trans. Image Process. 16, 2992 (2007).
[Crossref]

Frankel, P.

N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
[Crossref]

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

French, P. M. W.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

J. McGinty, H. B. Taylor, L. Chen, L. Bugeon, J. R. Lamb, M. J. Dallman, and P. M. W. French, Biomed. Opt. Express 2, 1340 (2011).
[Crossref]

Goessling, W.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Greger, K.

Hayenga, J.

Hecksher-Sorensen, J.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Heilmann, S.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Hill, B.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Huisken, J.

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

Hynes, R. O.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Iacobuzio-Donahue, C. A.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Jahrling, N.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Kansler, E. R.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Katan, M.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Kaufman, C. K.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Kim, I. S.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Kristensson, E.

Kumar, S.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Lamb, J. R.

Langdon, E. M.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

LeBlanc, J.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Lee, W.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Leischner, U.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Lichtman, J. W.

D. S. Richardson and J. W. Lichtman, Cell 162, 246 (2015).
[Crossref]

Lockwood, N.

N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
[Crossref]

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Mauch, C. P.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

McGinty, J.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

J. McGinty, H. B. Taylor, L. Chen, L. Bugeon, J. R. Lamb, M. J. Dallman, and P. M. W. French, Biomed. Opt. Express 2, 1340 (2011).
[Crossref]

McMahon, A. J.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Meyer, M. G.

Miao, Q.

Nelson, A. C.

Neumann, T.

Ntziachristos, V.

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

Parker, J.

N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
[Crossref]

Patel, R.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

Perrimon, N.

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

Perry, E. B.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Perry, P.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Pitsouli, C.

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

Ramel, M. C.

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Ratnakumar, K.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Razansky, D.

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

Richardson, D. S.

D. S. Richardson and J. W. Lichtman, Cell 162, 246 (2015).
[Crossref]

Ripoll, J.

F. Stuker, J. Ripoll, and M. Rudin, Pharmaceutics 3, 229 (2011).
[Crossref]

Ross, A.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Rudin, M.

F. Stuker, J. Ripoll, and M. Rudin, Pharmaceutics 3, 229 (2011).
[Crossref]

Schierloh, A.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Seibel, E. J.

Sessa, A.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Sharpe, J.

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Soloviev, V. Y.

Stelzer, E. H. K.

T. Breuninger, K. Greger, and E. H. K. Stelzer, Opt. Lett. 32, 1938 (2007).
[Crossref]

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

Stuker, F.

F. Stuker, J. Ripoll, and M. Rudin, Pharmaceutics 3, 229 (2011).
[Crossref]

Swoger, J.

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

Taylor, H. B.

Valentini, G.

van Rooijen, E.

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Vinegoni, C.

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

White, R. M.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Wilson, C.

N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
[Crossref]

Wittbrodt, J.

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

Yin, J.

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Zieglgansberger, W.

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

Zon, L. I.

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

Biomed. Opt. Express (2)

Cancer Res. (1)

S. Heilmann, K. Ratnakumar, E. M. Langdon, E. R. Kansler, I. S. Kim, N. R. Campbell, E. B. Perry, A. J. McMahon, C. K. Kaufman, E. van Rooijen, W. Lee, C. A. Iacobuzio-Donahue, and R. O. Hynes, Cancer Res. 75, 4272 (2015).
[Crossref]

Cell (1)

D. S. Richardson and J. W. Lichtman, Cell 162, 246 (2015).
[Crossref]

Cell Stem Cell (1)

R. M. White, A. Sessa, C. Burke, T. Bowman, J. LeBlanc, C. Ceol, C. Bourque, M. Dovey, W. Goessling, C. E. Burns, and L. I. Zon, Cell Stem Cell 2, 183 (2008).
[Crossref]

IEEE Trans. Image Process. (1)

J. Bioucas-Dias and M. Figueiredo, IEEE Trans. Image Process. 16, 2992 (2007).
[Crossref]

Nat. Methods (2)

H. U. Dodt, U. Leischner, A. Schierloh, N. Jahrling, C. P. Mauch, K. Deininger, J. M. Deussing, M. Eder, W. Zieglgansberger, and K. Becker, Nat. Methods 4, 331 (2007).
[Crossref]

C. Vinegoni, C. Pitsouli, D. Razansky, N. Perrimon, and V. Ntziachristos, Nat. Methods 5, 45 (2008).
[Crossref]

Oncotarget (1)

S. Kumar, N. Lockwood, M. C. Ramel, T. Correia, M. Ellis, Y. Alexandrov, N. Andrews, R. Patel, L. Bugeon, M. J. Dallman, S. Brandner, S. Arridge, M. Katan, J. McGinty, P. Frankel, and P. M. W. French, Oncotarget 7, 43939 (2016).
[Crossref]

Opt. Express (1)

Opt. Lett. (3)

Pharmaceutics (1)

F. Stuker, J. Ripoll, and M. Rudin, Pharmaceutics 3, 229 (2011).
[Crossref]

PLoS One (1)

T. Correia, N. Lockwood, S. Kumar, J. Yin, M. C. Ramel, N. Andrews, M. Katan, L. Bugeon, M. J. Dallman, J. McGinty, P. Frankel, P. M. W. French, and S. Arridge, PLoS One 10, e0136213 (2015).
[Crossref]

Science (2)

J. Huisken, J. Swoger, F. Del Bene, J. Wittbrodt, and E. H. K. Stelzer, Science 305, 1007 (2004).
[Crossref]

J. Sharpe, U. Ahlgren, P. Perry, B. Hill, A. Ross, J. Hecksher-Sorensen, R. Baldock, and D. Davidson, Science 296, 541 (2002).
[Crossref]

Zebrafish (1)

N. Lockwood, J. Parker, C. Wilson, and P. Frankel, Zebrafish 14, 133 (2017).
[Crossref]

Cited By

OSA participates in Crossref's Cited-By Linking service. Citing articles from OSA journals and other participating publishers are listed here.

Alert me when this article is cited.


Figures (6)

Fig. 1.
Fig. 1. Experimental setup for sl-OPT showing the excitation and detection of multiple slices of radiation. Inset: representations of the DMD illumination patterns and CCD detection masks for a larger and smaller slice separation.
Fig. 2.
Fig. 2. (a) sl-OPT projection image acquired with 100 μm slice separation and (b) pseudo-wide-field projection image of mCherryFP-labeled vasculature in an adult TraNac zebrafish. Scale bar 1 mm.
Fig. 3.
Fig. 3. Amelioration of degradation of image resolution of 3D bead phantom as a function of slice separation: (a) line profile through a single bead and (b) normalized spatial frequency power spectrum of image for conventional OPT and sl-OPT with different slice separations.
Fig. 4.
Fig. 4. Enhancement of higher (2040  mm1) spatial frequencies of reconstructed bead phantom images plotted as a function of slice separation (proportional to increased acquisition time for sl-OPT compared to wide-field OPT).
Fig. 5.
Fig. 5. Maximum intensity projections of the head of a TraNac tg(kdrl:HRAS-mCherry)s896 zebrafish, cropped from a whole body reconstruction using (a) wide-field OPT, and (b) 100 μm separated sl-OPT. (c) Intensity profiles through indicated lines in (a) and (b). Scale bar 1 mm.
Fig. 6.
Fig. 6. (a) Spatial frequency power spectra of reconstructed zebrafish volumes for pseudo-wide-field OPT, and sl-OPT data with different slice separations; (b) plot of enhancement of higher spatial frequencies (2040  mm1) with slice separation (proportional to increased acquisition time for sl-OPT compared to wide-field OPT).