Abstract

Current Flash X-ray single-particle diffraction Imaging (FXI) experiments, which operate on modern X-ray Free Electron Lasers (XFELs), can record millions of interpretable diffraction patterns from individual biomolecules per day. Due to the practical limitations with the FXI technology, those patterns will to a varying degree include scatterings from contaminated samples. Also, the heterogeneity of the sample biomolecules is unavoidable and complicates data processing. Reducing the data volumes and selecting high-quality single-molecule patterns are therefore critical steps in the experimental setup. In this paper, we present two supervised template-based learning methods for classifying FXI patterns. Our Eigen-Image and Log-Likelihood classifier can find the best-matched template for a single-molecule pattern within a few milliseconds. It is also straightforward to parallelize them so as to match the XFEL repetition rate fully, thereby enabling processing at site. The methods perform in a stable way on various kinds of synthetic data. As a practical example we tested our methods on a real mimivirus dataset, obtaining a convincing classification accuracy of 0.9.

© 2019 Optical Society of America under the terms of the OSA Open Access Publishing Agreement

Full Article  |  PDF Article
OSA Recommended Articles
Reconstructing an icosahedral virus from single-particle diffraction experiments

D. K. Saldin, H.-C. Poon, P. Schwander, M. Uddin, and M. Schmidt
Opt. Express 19(18) 17318-17335 (2011)

Femtosecond free-electron laser x-ray diffraction data sets for algorithm development

Stephan Kassemeyer, Jan Steinbrener, Lukas Lomb, Elisabeth Hartmann, Andrew Aquila, Anton Barty, Andrew V. Martin, Christina Y. Hampton, Saša Bajt, Miriam Barthelmess, Thomas R.M. Barends, Christoph Bostedt, Mario Bott, John D. Bozek, Nicola Coppola, Max Cryle, Daniel P. DePonte, R. Bruce Doak, Sascha W. Epp, Benjamin Erk, Holger Fleckenstein, Lutz Foucar, Heinz Graafsma, Lars Gumprecht, Andreas Hartmann, Robert Hartmann, Günter Hauser, Helmut Hirsemann, André Hömke, Peter Holl, Olof Jönsson, Nils Kimmel, Faton Krasniqi, Mengning Liang, Filipe R.N.C. Maia, Stefano Marchesini, Karol Nass, Christian Reich, Daniel Rolles, Benedikt Rudek, Artem Rudenko, Carlo Schmidt, Joachim Schulz, Robert L. Shoeman, Raymond G. Sierra, Heike Soltau, John C. H. Spence, Dmitri Starodub, Francesco Stellato, Stephan Stern, Gunter Stier, Martin Svenda, Georg Weidenspointner, Uwe Weierstall, Thomas A. White, Cornelia Wunderer, Matthias Frank, Henry N. Chapman, Joachim Ullrich, Lothar Strüder, Michael J. Bogan, and Ilme Schlichting
Opt. Express 20(4) 4149-4158 (2012)

Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data

Jakob Andreasson, Andrew V. Martin, Meng Liang, Nicusor Timneanu, Andrew Aquila, Fenglin Wang, Bianca Iwan, Martin Svenda, Tomas Ekeberg, Max Hantke, Johan Bielecki, Daniel Rolles, Artem Rudenko, Lutz Foucar, Robert Hartmann, Benjamin Erk, Benedikt Rudek, Henry N. Chapman, Janos Hajdu, and Anton Barty
Opt. Express 22(3) 2497-2510 (2014)

References

  • View by:
  • |
  • |
  • |

  1. R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
    [Crossref] [PubMed]
  2. H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
    [Crossref]
  3. M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
    [Crossref] [PubMed]
  4. T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
    [Crossref] [PubMed]
  5. M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
    [Crossref]
  6. G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
    [Crossref] [PubMed]
  7. B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
    [Crossref] [PubMed]
  8. J. D. Bozek, “AMO instrumentation for the LCLS X-ray FEL,” The Eur. Phys. J. Special Top. 169, 129–132 (2009).
    [Crossref]
  9. E. A. Schneidmiller and M. V. Yurkov, “Photon beam properties at the European XFEL,” Tech. rep., European XFEL (XFEL) (2011).
  10. J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
    [Crossref]
  11. J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
    [Crossref] [PubMed]
  12. S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
    [Crossref] [PubMed]
  13. C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
    [Crossref] [PubMed]
  14. C. Yoon, “Novel algorithms in coherent diffraction imaging using x-ray free-electron lasers,” Proc.SPIE 8500, 85000H (2012).
    [Crossref]
  15. H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
    [Crossref] [PubMed]
  16. M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
    [Crossref] [PubMed]
  17. R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
    [Crossref]
  18. A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
    [Crossref] [PubMed]
  19. N. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
    [Crossref]
  20. B. Moghaddam, W. Wahid, and A. Pentland, “Beyond eigenfaces: probabilistic matching for face recognition,” in Proceedings Third IEEE International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition, (1998), pp. 30–35.
  21. J. Burnstone and H. Yin, “Eigenlights: recovering illumination from face images,” in Intelligent Data Engineering and Automated Learning - IDEAL 2011, (Springer, 2011), pp. 490–497.
  22. W. S. Yambor, B. A. Draper, and J. R. Beveridge, “Analyzing PCA-based Face Recognition Algorithms: Eigenvector Selection and Distance Measures,” in Empirical Evaluation Methods in Computer Vision, (WORLD SCIENTIFIC, 2011).
  23. A. Pentland, B. Moghaddam, and T. Starner, “View-based and modular eigenspaces for face recognition,” in 1994 Proceedings of IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, (1994), pp. 84–91.
  24. M. Kirby and L. Sirovich, “Application of the Karhunen-Loeve procedure for the characterization of human faces,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 12, 103–108 (1990).
    [Crossref]
  25. L. Sirovich and M. Kirby, “Low-dimensional procedure for the characterization of human faces,” J. Opt. Soc. Am. A 4, 519–524 (1987).
    [Crossref] [PubMed]
  26. C. Biernacki, G. Celeux, and G. Govaert, “Assessing a mixture model for clustering with the integrated completed likelihood,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 22, 719–725 (2000).
    [Crossref]
  27. C. S. Long, K. M. Chugg, and A. Polydoros, “Further results in likelihood classification of qam signals,” in Military Communications Conference, 1994. MILCOM ’94. Conference Record, 1994 IEEE, vol. 1 (1994), pp. 57–61.
  28. V. G. Chavali and C. R. C. M. da Silva, “Maximum-Likelihood Classification of Digital Amplitude-Phase Modulated Signals in Flat Fading Non-Gaussian Channels,” IEEE Transactions on Commun. 59, 2051–2056 (2011).
    [Crossref]
  29. J. Lidmar, L. Mirny, and D. R Nelson, “Virus shapes and buckling transitions in spherical shells,” Phys. Rev. E 68, 051910 (2003).
    [Crossref]
  30. V. Graziano and O. Monica, “Faceting ionic shells into icosahedra via electrostatics,” Proc. Natl. Acad. Sci. United States Am. 104, 18382–18386 (2007).
    [Crossref]
  31. T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
    [Crossref]
  32. M. F. Hantke, T. Ekeberg, and F. R. N. C. Maia, “Condor: a simulation tool for flash X-ray imaging,” J. Appl. Crystallogr. 49, 1356–1362 (2016).
    [Crossref] [PubMed]
  33. T. Fawcett, “Introduction to roc analysis,” Pattern Recognit. Lett. 27, 861–874 (2006).
    [Crossref]
  34. T. Ekeberg, S. Engblom, and J. Liu, “Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters,” Int. J. High Perform. Comput. Appl. 29233–243 (2015).
    [Crossref]
  35. A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
    [Crossref] [PubMed]
  36. D. Powers, “Evaluation: From precision, recall and f-factor to roc, informedness, markedness & correlation,” J. Mach. Learn. Technol. 2, 37–63 (2008).

2018 (1)

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

2017 (4)

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

2016 (2)

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, T. Ekeberg, and F. R. N. C. Maia, “Condor: a simulation tool for flash X-ray imaging,” J. Appl. Crystallogr. 49, 1356–1362 (2016).
[Crossref] [PubMed]

2015 (4)

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

T. Ekeberg, S. Engblom, and J. Liu, “Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters,” Int. J. High Perform. Comput. Appl. 29233–243 (2015).
[Crossref]

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

2014 (3)

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

2013 (1)

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

2012 (1)

C. Yoon, “Novel algorithms in coherent diffraction imaging using x-ray free-electron lasers,” Proc.SPIE 8500, 85000H (2012).
[Crossref]

2011 (3)

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

V. G. Chavali and C. R. C. M. da Silva, “Maximum-Likelihood Classification of Digital Amplitude-Phase Modulated Signals in Flat Fading Non-Gaussian Channels,” IEEE Transactions on Commun. 59, 2051–2056 (2011).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

2009 (2)

N. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[Crossref]

J. D. Bozek, “AMO instrumentation for the LCLS X-ray FEL,” The Eur. Phys. J. Special Top. 169, 129–132 (2009).
[Crossref]

2008 (1)

D. Powers, “Evaluation: From precision, recall and f-factor to roc, informedness, markedness & correlation,” J. Mach. Learn. Technol. 2, 37–63 (2008).

2007 (1)

V. Graziano and O. Monica, “Faceting ionic shells into icosahedra via electrostatics,” Proc. Natl. Acad. Sci. United States Am. 104, 18382–18386 (2007).
[Crossref]

2006 (2)

2003 (1)

J. Lidmar, L. Mirny, and D. R Nelson, “Virus shapes and buckling transitions in spherical shells,” Phys. Rev. E 68, 051910 (2003).
[Crossref]

2000 (2)

C. Biernacki, G. Celeux, and G. Govaert, “Assessing a mixture model for clustering with the integrated completed likelihood,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 22, 719–725 (2000).
[Crossref]

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

1990 (1)

M. Kirby and L. Sirovich, “Application of the Karhunen-Loeve procedure for the characterization of human faces,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 12, 103–108 (1990).
[Crossref]

1987 (1)

Abergel, C.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Adolph, M.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Almeida, F. N.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Andersson, I.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Andreasson, J.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Andritschke, R.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Aquila, A.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Aquila, A. L.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Awel, S.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Ayyer, K.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Bajt, S.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Barthelmess, M.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Barty, A.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
[Crossref]

Becker, J.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Beetz, T.

Benner, W. H.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Berntsen, P.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

Beveridge, J. R.

W. S. Yambor, B. A. Draper, and J. R. Beveridge, “Analyzing PCA-based Face Recognition Algorithms: Eigenvector Selection and Distance Measures,” in Empirical Evaluation Methods in Computer Vision, (WORLD SCIENTIFIC, 2011).

Bianco, L.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Bielecki, J.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

Biernacki, C.

C. Biernacki, G. Celeux, and G. Govaert, “Assessing a mixture model for clustering with the integrated completed likelihood,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 22, 719–725 (2000).
[Crossref]

Bobkov, S.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Bobkov, S. A.

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Bogan, M. J.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Bostedt, C.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Bott, M.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Boutet, S.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Bozek, J.

Bozek, J. D.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

J. D. Bozek, “AMO instrumentation for the LCLS X-ray FEL,” The Eur. Phys. J. Special Top. 169, 129–132 (2009).
[Crossref]

Bucher, M.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Burnstone, J.

J. Burnstone and H. Yin, “Eigenlights: recovering illumination from face images,” in Intelligent Data Engineering and Automated Learning - IDEAL 2011, (Springer, 2011), pp. 490–497.

Caleman, C.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Carini, G. A.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Carlsson, G. H.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Carron, S.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Celeux, G.

C. Biernacki, G. Celeux, and G. Govaert, “Assessing a mixture model for clustering with the integrated completed likelihood,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 22, 719–725 (2000).
[Crossref]

Chapman, H.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

Chapman, H. N.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
[Crossref]

Chavali, V. G.

V. G. Chavali and C. R. C. M. da Silva, “Maximum-Likelihood Classification of Digital Amplitude-Phase Modulated Signals in Flat Fading Non-Gaussian Channels,” IEEE Transactions on Commun. 59, 2051–2056 (2011).
[Crossref]

Chugg, K. M.

C. S. Long, K. M. Chugg, and A. Polydoros, “Further results in likelihood classification of qam signals,” in Military Communications Conference, 1994. MILCOM ’94. Conference Record, 1994 IEEE, vol. 1 (1994), pp. 57–61.

Claverie, J.-M.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Copperman, J.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Coppola, N.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Cui, C.

da Silva, C. R. C. M.

V. G. Chavali and C. R. C. M. da Silva, “Maximum-Likelihood Classification of Digital Amplitude-Phase Modulated Signals in Flat Fading Non-Gaussian Channels,” IEEE Transactions on Commun. 59, 2051–2056 (2011).
[Crossref]

Dashti, A.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Daurer, B.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Daurer, B. J.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

DeMirci, H.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

DePonte, D. P.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Dinapoli, R.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Doak, R. B.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Donatelli, J. J.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

Draper, B. A.

W. S. Yambor, B. A. Draper, and J. R. Beveridge, “Analyzing PCA-based Face Recognition Algorithms: Eigenvector Selection and Distance Measures,” in Empirical Evaluation Methods in Computer Vision, (WORLD SCIENTIFIC, 2011).

Duane Loh, N.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Duane Loh, N.-T.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Dzhigaev, D.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

Ekeberg, T.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, T. Ekeberg, and F. R. N. C. Maia, “Condor: a simulation tool for flash X-ray imaging,” J. Appl. Crystallogr. 49, 1356–1362 (2016).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, S. Engblom, and J. Liu, “Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters,” Int. J. High Perform. Comput. Appl. 29233–243 (2015).
[Crossref]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Elser, V.

N. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[Crossref]

Engblom, S.

T. Ekeberg, S. Engblom, and J. Liu, “Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters,” Int. J. High Perform. Comput. Appl. 29233–243 (2015).
[Crossref]

Englert, L.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Epp, S.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Epp, S. W.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Erk, B.

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Fawcett, T.

T. Fawcett, “Introduction to roc analysis,” Pattern Recognit. Lett. 27, 861–874 (2006).
[Crossref]

Ferguson, K.

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Ferguson, K. R.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

Fleckenstein, H.

Foucar, L.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Frank, M.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Fromme, P.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Fung, R.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Gijs, v. d. S.

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Gorke, H.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Gorkhover, T.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Gorobtsov, O. Y.

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Göttlicher, P.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Govaert, G.

C. Biernacki, G. Celeux, and G. Govaert, “Assessing a mixture model for clustering with the integrated completed likelihood,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 22, 719–725 (2000).
[Crossref]

Graafsma, H.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Graziano, V.

V. Graziano and O. Monica, “Faceting ionic shells into icosahedra via electrostatics,” Proc. Natl. Acad. Sci. United States Am. 104, 18382–18386 (2007).
[Crossref]

Greiffenberg, D.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Gronewald, M.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Gumprecht, L.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hajdu, J.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

Hampton, C. Y.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hanke, M. F.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Hantke, M.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hantke, M. F.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

M. F. Hantke, T. Ekeberg, and F. R. N. C. Maia, “Condor: a simulation tool for flash X-ray imaging,” J. Appl. Crystallogr. 49, 1356–1362 (2016).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Hart, P.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Hartmann, A.

Hartmann, E.

Hartmann, R.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hasse, D.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Hau-Riege, S. P.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
[Crossref]

Hauser, G.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

He, H.

Henrich, B. H.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Herrmann, S.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hirsemann, H.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hodgson, K. O.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hoemke, A.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hogue, B. G.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Holl, P.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Hosseinizadeh, A.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Howells, M. R.

Hunter, M.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Ilyin, V.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

Ilyin, V. A.

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Ingelman, M.

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Iwan, B.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Jack, S.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Jacobsen, C.

Joensson, O.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

John, K.

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Jönsson, O.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

Kassemeyer, S.

Kim, Y.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Kim, Y. Y.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

Kimmel, N.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Kirby, M.

M. Kirby and L. Sirovich, “Application of the Karhunen-Loeve procedure for the characterization of human faces,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 12, 103–108 (1990).
[Crossref]

L. Sirovich and M. Kirby, “Low-dimensional procedure for the characterization of human faces,” J. Opt. Soc. Am. A 4, 519–524 (1987).
[Crossref] [PubMed]

Kirian, R.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Kirian, R. A.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

Kiskinova, M.

Klanner, R.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Klyuev, A.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Koglin, J.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Krasniqi, F.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Krüger, H.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Krzywinski, J.

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Kuehnel, K.-U.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Kurta, R. P.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Lange, S.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Larsson, D. S.

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Larsson, D. S. D.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Liang, M.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Lidmar, J.

J. Lidmar, L. Mirny, and D. R Nelson, “Virus shapes and buckling transitions in spherical shells,” Phys. Rev. E 68, 051910 (2003).
[Crossref]

Liu, J.

T. Ekeberg, S. Engblom, and J. Liu, “Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters,” Int. J. High Perform. Comput. Appl. 29233–243 (2015).
[Crossref]

Loh, N. D.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

N. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[Crossref]

Loh, N.-T. D.

Lomb, L.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Long, C. S.

C. S. Long, K. M. Chugg, and A. Polydoros, “Further results in likelihood classification of qam signals,” in Military Communications Conference, 1994. MILCOM ’94. Conference Record, 1994 IEEE, vol. 1 (1994), pp. 57–61.

Maia, F.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

Maia, F. R.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

Maia, F. R. N. C.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, T. Ekeberg, and F. R. N. C. Maia, “Condor: a simulation tool for flash X-ray imaging,” J. Appl. Crystallogr. 49, 1356–1362 (2016).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Mancuso, A. P.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Marchesini, S.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
[Crossref]

Marras, A.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Martin, A.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Martin, A. V.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Marvin Seibert, M.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

Mashayekhi, G.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Messerschmidt, M.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Miahnahri, A. A.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Mirny, L.

J. Lidmar, L. Mirny, and D. R Nelson, “Virus shapes and buckling transitions in spherical shells,” Phys. Rev. E 68, 051910 (2003).
[Crossref]

Moghaddam, B.

A. Pentland, B. Moghaddam, and T. Starner, “View-based and modular eigenspaces for face recognition,” in 1994 Proceedings of IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, (1994), pp. 84–91.

B. Moghaddam, W. Wahid, and A. Pentland, “Beyond eigenfaces: probabilistic matching for face recognition,” in Proceedings Third IEEE International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition, (1998), pp. 30–35.

Monica, O.

V. Graziano and O. Monica, “Faceting ionic shells into icosahedra via electrostatics,” Proc. Natl. Acad. Sci. United States Am. 104, 18382–18386 (2007).
[Crossref]

Morgan, A. J.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

Mozzanica, A.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Mühlig, K.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Munke, A.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

Nam, D.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Nass, K.

Nelson, D. R

J. Lidmar, L. Mirny, and D. R Nelson, “Virus shapes and buckling transitions in spherical shells,” Phys. Rev. E 68, 051910 (2003).
[Crossref]

Nettelblad, C.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

Neutze, R.

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

Nilsson, B.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Noy, A.

Odic, D.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Okamoto, K.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Ourmazd, A.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Pande, K.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

Pedersoli, E.

Pentland, A.

B. Moghaddam, W. Wahid, and A. Pentland, “Beyond eigenfaces: probabilistic matching for face recognition,” in Proceedings Third IEEE International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition, (1998), pp. 30–35.

A. Pentland, B. Moghaddam, and T. Starner, “View-based and modular eigenspaces for face recognition,” in 1994 Proceedings of IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, (1994), pp. 84–91.

Pietrini, A.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Pietschner, D.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Polydoros, A.

C. S. Long, K. M. Chugg, and A. Polydoros, “Further results in likelihood classification of qam signals,” in Military Communications Conference, 1994. MILCOM ’94. Conference Record, 1994 IEEE, vol. 1 (1994), pp. 57–61.

Potdevin, G.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Powers, D.

D. Powers, “Evaluation: From precision, recall and f-factor to roc, informedness, markedness & correlation,” J. Mach. Learn. Technol. 2, 37–63 (2008).

Rath, A. D.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Reddy, H. K. N.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

Reich, C.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Rocker, A.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Rolles, D.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Rose, M.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Rosen, R.

Rudek, B.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Rudenko, A.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Rupp, D.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schaller, G.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schlichting, I.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schmidt, C.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schmidt, M.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Schmitt, B.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Schneidmiller, E. A.

E. A. Schneidmiller and M. V. Yurkov, “Photon beam properties at the European XFEL,” Tech. rep., European XFEL (XFEL) (2011).

Schopper, F.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schorb, S.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schroeter, C.-D.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schulz, J.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schwander, P.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Schwandt, J.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Seibert, M.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Seibert, M. M.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Sellberg, J. A.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Seltzer, V.

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Senin, R. A.

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Sepehr, R.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Shapiro, D.

Sheviakov, I.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Shi, X.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Shoeman, R. L.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Sierra, R. G.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Sirovich, L.

M. Kirby and L. Sirovich, “Application of the Karhunen-Loeve procedure for the characterization of human faces,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 12, 103–108 (1990).
[Crossref]

L. Sirovich and M. Kirby, “Low-dimensional procedure for the characterization of human faces,” J. Opt. Soc. Am. A 4, 519–524 (1987).
[Crossref] [PubMed]

Soltau, H.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Song, C.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Spence, J. C. H.

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
[Crossref]

Starner, T.

A. Pentland, B. Moghaddam, and T. Starner, “View-based and modular eigenspaces for face recognition,” in 1994 Proceedings of IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, (1994), pp. 84–91.

Starodub, D.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Steinbrener, J.

Stellato, F.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Stern, S.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Stier, G.

Strüder, L.

Strueder, L.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Svenda, M.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Teslyuk, A. B.

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Timneanu, N.

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

J. Andreasson, A. V. Martin, M. Liang, N. Timneanu, A. Aquila, F. Wang, B. Iwan, M. Svenda, T. Ekeberg, M. Hantke, J. Bielecki, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, R. Hartmann, B. Erk, B. Rudek, H. N. Chapman, J. Hajdu, and A. Barty, “Automated identification and classification of single particle serial femtosecond X-ray diffraction data,” Opt. Express 22, 2497–2510 (2014).
[Crossref] [PubMed]

Tîmneanu, N.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Trunk, U.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Ullrich, J.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

van der Schot, G.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

van der Spoel, D.

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

Vartanyants, I. A.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Wahid, W.

B. Moghaddam, W. Wahid, and A. Pentland, “Beyond eigenfaces: probabilistic matching for face recognition,” in Proceedings Third IEEE International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition, (1998), pp. 30–35.

Wang, F.

Weckert, E.

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

Weidenspointner, G.

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Weierstall, U.

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

H. N. Chapman, A. Barty, S. Marchesini, A. Noy, S. P. Hau-Riege, C. Cui, M. R. Howells, R. Rosen, H. He, J. C. H. Spence, U. Weierstall, T. Beetz, C. Jacobsen, and D. Shapiro, “High-resolution ab initio three-dimensional x-ray diffraction microscopy,” J. Opt. Soc. Am. A 23, 1179 (2006). doi:.
[Crossref]

Westphal, D.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

White, T. A.

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Wiedorn, M. O.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Williams, G.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Williams, G. B. R. F. C. J. C. C.

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Williams, G. J.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Wouts, R.

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

Wunderer, C.

Xavier, P. L.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Yambor, W. S.

W. S. Yambor, B. A. Draper, and J. R. Beveridge, “Analyzing PCA-based Face Recognition Algorithms: Eigenvector Selection and Distance Measures,” in Empirical Evaluation Methods in Computer Vision, (WORLD SCIENTIFIC, 2011).

Yefanov, O. M.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Yin, H.

J. Burnstone and H. Yin, “Eigenlights: recovering illumination from face images,” in Intelligent Data Engineering and Automated Learning - IDEAL 2011, (Springer, 2011), pp. 490–497.

Yoon, C.

C. Yoon, “Novel algorithms in coherent diffraction imaging using x-ray free-electron lasers,” Proc.SPIE 8500, 85000H (2012).
[Crossref]

Yoon, C. H.

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

C. H. Yoon, P. Schwander, C. Abergel, I. Andersson, J. Andreasson, A. Aquila, S. Bajt, M. Barthelmess, A. Barty, M. J. Bogan, C. Bostedt, J. Bozek, H. N. Chapman, J.-M. Claverie, N. Coppola, D. P. DePonte, T. Ekeberg, S. W. Epp, B. Erk, H. Fleckenstein, L. Foucar, H. Graafsma, L. Gumprecht, J. Hajdu, C. Y. Hampton, A. Hartmann, E. Hartmann, R. Hartmann, G. Hauser, H. Hirsemann, P. Holl, S. Kassemeyer, N. Kimmel, M. Kiskinova, M. Liang, N.-T. D. Loh, L. Lomb, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, K. Nass, E. Pedersoli, C. Reich, D. Rolles, B. Rudek, A. Rudenko, I. Schlichting, J. Schulz, M. Seibert, V. Seltzer, R. L. Shoeman, R. G. Sierra, H. Soltau, D. Starodub, J. Steinbrener, G. Stier, L. Strüder, M. Svenda, J. Ullrich, G. Weidenspointner, T. A. White, C. Wunderer, and A. Ourmazd, “Unsupervised classification of single-particle X-ray diffraction snapshots by spectral clustering,” Opt. Express 19, 16542–16549 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Yurkov, M. V.

E. A. Schneidmiller and M. V. Yurkov, “Photon beam properties at the European XFEL,” Tech. rep., European XFEL (XFEL) (2011).

Zani, A.

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Zhang, J.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Zimmer, M.

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

Zwart, P. H.

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

IEEE Transactions on Commun. (1)

V. G. Chavali and C. R. C. M. da Silva, “Maximum-Likelihood Classification of Digital Amplitude-Phase Modulated Signals in Flat Fading Non-Gaussian Channels,” IEEE Transactions on Commun. 59, 2051–2056 (2011).
[Crossref]

IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. (2)

C. Biernacki, G. Celeux, and G. Govaert, “Assessing a mixture model for clustering with the integrated completed likelihood,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 22, 719–725 (2000).
[Crossref]

M. Kirby and L. Sirovich, “Application of the Karhunen-Loeve procedure for the characterization of human faces,” IEEE Transactions on Pattern Analysis Mach. Intell. 12, 103–108 (1990).
[Crossref]

Int. J. High Perform. Comput. Appl. (1)

T. Ekeberg, S. Engblom, and J. Liu, “Machine learning for ultrafast X-ray diffraction patterns on large-scale GPU clusters,” Int. J. High Perform. Comput. Appl. 29233–243 (2015).
[Crossref]

IUCrJ (2)

M. Rose, S. Bobkov, K. Ayyer, R. P. Kurta, D. Dzhigaev, Y. Y. Kim, A. J. Morgan, C. H. Yoon, D. Westphal, J. Bielecki, J. A. Sellberg, G. Williams, F. R. Maia, O. M. Yefanov, V. Ilyin, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, B. G. Hogue, A. Aquila, A. Barty, and I. A. Vartanyants, “Single-particle imaging without symmetry constraints at an X-ray free-electron laser,” IUCrJ 5, 727–736 (2018).
[Crossref] [PubMed]

B. J. Daurer, K. Okamoto, J. Bielecki, F. R. N. C. Maia, K. Mühlig, M. M. Seibert, M. F. Hantke, C. Nettelblad, W. H. Benner, M. Svenda, N. Tîmneanu, T. Ekeberg, N. D. Loh, A. Pietrini, A. Zani, A. D. Rath, D. Westphal, R. A. Kirian, S. Awel, M. O. Wiedorn, G. van der Schot, G. H. Carlsson, D. Hasse, J. A. Sellberg, A. Barty, J. Andreasson, S. Boutet, G. Williams, J. Koglin, I. Andersson, J. Hajdu, and D. S. D. Larsson, “Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses,” IUCrJ 4, 251 (2017).
[Crossref] [PubMed]

J. Appl. Crystallogr. (2)

A. Barty, R. A. Kirian, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, C. H. Yoon, T. A. White, and H. Chapman, “Cheetah: software for high-throughput reduction and analysis of serial femtosecond X-ray diffraction data,” J. Appl. Crystallogr. 47, 1118–1131 (2014).
[Crossref] [PubMed]

M. F. Hantke, T. Ekeberg, and F. R. N. C. Maia, “Condor: a simulation tool for flash X-ray imaging,” J. Appl. Crystallogr. 49, 1356–1362 (2016).
[Crossref] [PubMed]

J. Instrumentation (1)

J. Becker, L. Bianco, R. Dinapoli, P. Göttlicher, H. Graafsma, D. Greiffenberg, M. Gronewald, B. H. Henrich, H. Hirsemann, S. Jack, R. Klanner, H. Krüger, A. Klyuev, S. Lange, A. Marras, A. Mozzanica, B. Schmitt, J. Schwandt, I. Sheviakov, X. Shi, U. Trunk, M. Zimmer, and J. Zhang, “High speed cameras for x-rays : Agipd and others,” J. Instrumentation 8, C01042 (2013).
[Crossref]

J. Mach. Learn. Technol. (1)

D. Powers, “Evaluation: From precision, recall and f-factor to roc, informedness, markedness & correlation,” J. Mach. Learn. Technol. 2, 37–63 (2008).

J. Opt. Soc. Am. A (2)

J. Synchrotron Radiat. (1)

S. A. Bobkov, A. B. Teslyuk, R. P. Kurta, O. Y. Gorobtsov, O. M. Yefanov, V. A. Ilyin, R. A. Senin, and I. A. Vartanyants, “Sorting algorithms for single-particle imaging experiments at X-ray free-electron lasers,” J. Synchrotron Radiat. 22, 1345–1352 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Nat. Commun. (1)

G. van der Schot, M. Svenda, F. R. N. C. Maia, M. Hantke, D. P. DePonte, M. M. Seibert, A. Aquila, J. Schulz, R. Kirian, M. Liang, F. Stellato, B. Iwan, J. Andreasson, N. Timneanu, D. Westphal, F. N. Almeida, D. Odic, D. Hasse, G. H. Carlsson, D. S. D. Larsson, A. Barty, A. V. Martin, S. Schorb, C. Bostedt, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, L. Foucar, B. Rudek, R. Hartmann, N. Kimmel, P. Holl, L. Englert, N.-T. Duane Loh, H. N. Chapman, I. Andersson, J. Hajdu, and T. Ekeberg, “Imaging single cells in a beam of live cyanobacteria with an X-ray laser,” Nat. Commun. 6, 5704 (2015).
[Crossref] [PubMed]

Nat. Methods (1)

A. Hosseinizadeh, G. Mashayekhi, J. Copperman, P. Schwander, A. Dashti, R. Sepehr, R. Fung, M. Schmidt, C. H. Yoon, B. G. Hogue, G. B. R. F. C. J. C. C. Williams, A. L. Aquila, and A. Ourmazd, “Conformational landscape of a virus by single-particle x-ray scattering,” Nat. Methods 14, 877–881 (2017).
[Crossref] [PubMed]

Nat. Photonics (1)

M. F. Hantke, D. Hasse, F. R. N. C. Maia, T. Ekeberg, K. John, M. Svenda, N. D. Loh, A. V. Martin, N. Timneanu, D. S. Larsson, v. d. S. Gijs, G. H. Carlsson, M. Ingelman, J. Andreasson, D. Westphal, M. Liang, F. Stellato, D. P. DePonte, R. Hartmann, N. Kimmel, R. A. Kirian, M. M. Seibert, K. Mühlig, S. Schorb, K. Ferguson, C. Bostedt, S. Carron, J. D. Bozek, D. Rolles, A. Rudenko, S. Epp, H. N. Chapman, A. Barty, J. Hajdu, and I. Andersson, “High-throughput imaging of heterogeneous cell organelles with an X-ray laser,” Nat. Photonics 8, 943 (2014).
[Crossref]

Nature (2)

R. Neutze, R. Wouts, D. van der Spoel, E. Weckert, and J. Hajdu, “Potential for biomolecular imaging with femtosecond X-ray pulses,” Nature 406, 752–757 (2000).
[Crossref] [PubMed]

M. M. Seibert, T. Ekeberg, F. R. N. C. Maia, M. Svenda, J. Andreasson, O. Joensson, D. Odic, B. Iwan, A. Rocker, D. Westphal, M. Hantke, D. P. DePonte, A. Barty, J. Schulz, L. Gumprecht, N. Coppola, A. Aquila, M. Liang, T. A. White, A. Martin, C. Caleman, S. Stern, C. Abergel, V. Seltzer, J.-M. Claverie, C. Bostedt, J. D. Bozek, S. Boutet, A. A. Miahnahri, M. Messerschmidt, J. Krzywinski, G. Williams, K. O. Hodgson, M. J. Bogan, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, I. Andersson, S. Bajt, M. Barthelmess, J. C. H. Spence, P. Fromme, U. Weierstall, R. Kirian, M. Hunter, R. B. Doak, S. Marchesini, S. P. Hau-Riege, M. Frank, R. L. Shoeman, L. Lomb, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, C. Schmidt, L. Foucar, N. Kimmel, P. Holl, B. Rudek, B. Erk, A. Hoemke, C. Reich, D. Pietschner, G. Weidenspointner, L. Strueder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, I. Schlichting, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K.-U. Kuehnel, R. Andritschke, C.-D. Schroeter, F. Krasniqi, M. Bott, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, H. N. Chapman, and J. Hajdu, “Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser,” Nature 470, 78–81 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Opt. Express (2)

Pattern Recognit. Lett. (1)

T. Fawcett, “Introduction to roc analysis,” Pattern Recognit. Lett. 27, 861–874 (2006).
[Crossref]

Phys. Rev. E (2)

J. Lidmar, L. Mirny, and D. R Nelson, “Virus shapes and buckling transitions in spherical shells,” Phys. Rev. E 68, 051910 (2003).
[Crossref]

N. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[Crossref]

Phys. review letters (2)

R. P. Kurta, J. J. Donatelli, C. H. Yoon, P. Berntsen, J. Bielecki, B. J. Daurer, H. DeMirci, P. Fromme, M. F. Hantke, F. R. N. C. Maia, A. Munke, C. Nettelblad, K. Pande, H. K. N. Reddy, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, M. Svenda, G. van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, P. L. Xavier, A. Aquila, P. H. Zwart, and A. P. Mancuso, “Correlations in scattered x-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses,” Phys. review letters 119, 158102 (2017).
[Crossref]

T. Ekeberg, M. Svenda, C. Abergel, F. R. N. C. Maia, V. Seltzer, J.-M. Claverie, M. Hantke, O. Jönsson, C. Nettelblad, G. van der Schot, M. Liang, D. P. DePonte, A. Barty, M. M. Seibert, B. Iwan, I. Andersson, N. D. Loh, A. V. Martin, H. Chapman, C. Bostedt, J. D. Bozek, K. R. Ferguson, J. Krzywinski, S. W. Epp, D. Rolles, A. Rudenko, R. Hartmann, N. Kimmel, and J. Hajdu, “Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser,” Phys. review letters 114, 098102 (2015).
[Crossref]

Proc. Natl. Acad. Sci. United States Am. (1)

V. Graziano and O. Monica, “Faceting ionic shells into icosahedra via electrostatics,” Proc. Natl. Acad. Sci. United States Am. 104, 18382–18386 (2007).
[Crossref]

Proc.SPIE (1)

C. Yoon, “Novel algorithms in coherent diffraction imaging using x-ray free-electron lasers,” Proc.SPIE 8500, 85000H (2012).
[Crossref]

Sci. Data (2)

H. K. N. Reddy, C. H. Yoon, A. Aquila, S. Awel, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, S. Bobkov, M. Bucher, G. A. Carini, S. Carron, H. Chapman, B. Daurer, H. DeMirci, T. Ekeberg, P. Fromme, J. Hajdu, M. F. Hanke, P. Hart, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, Y. Kim, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. S. D. Larsson, N. Duane Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, K. Mühlig, A. Munke, D. Nam, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Seibert, J. A. Sellberg, C. Song, J. C. H. Spence, M. Svenda, G. Van der Schot, I. A. Vartanyants, G. J. Williams, and P. L. Xavier, “Coherent soft X-ray diffraction imaging of coliphage PR772 at the Linac coherent light source,” Sci. Data 4, 170079 (2017).
[Crossref] [PubMed]

T. Ekeberg, M. Svenda, M. Marvin Seibert, C. Abergel, F. Maia, V. Seltzer, D. P. DePonte, A. Aquila, J. Andreasson, B. Iwan, O. Jönsson, D. Westphal, D. Odić, I. Andersson, A. Barty, M. Liang, A. Martin, L. Gumprecht, H. Fleckenstein, and J. Hajdu, “Single-shot diffraction data from the mimivirus particle using an x-ray free-electron laser,” Sci. Data 3, 160060 (2016).
[Crossref] [PubMed]

The Eur. Phys. J. Special Top. (1)

J. D. Bozek, “AMO instrumentation for the LCLS X-ray FEL,” The Eur. Phys. J. Special Top. 169, 129–132 (2009).
[Crossref]

Other (6)

E. A. Schneidmiller and M. V. Yurkov, “Photon beam properties at the European XFEL,” Tech. rep., European XFEL (XFEL) (2011).

B. Moghaddam, W. Wahid, and A. Pentland, “Beyond eigenfaces: probabilistic matching for face recognition,” in Proceedings Third IEEE International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition, (1998), pp. 30–35.

J. Burnstone and H. Yin, “Eigenlights: recovering illumination from face images,” in Intelligent Data Engineering and Automated Learning - IDEAL 2011, (Springer, 2011), pp. 490–497.

W. S. Yambor, B. A. Draper, and J. R. Beveridge, “Analyzing PCA-based Face Recognition Algorithms: Eigenvector Selection and Distance Measures,” in Empirical Evaluation Methods in Computer Vision, (WORLD SCIENTIFIC, 2011).

A. Pentland, B. Moghaddam, and T. Starner, “View-based and modular eigenspaces for face recognition,” in 1994 Proceedings of IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition, (1994), pp. 84–91.

C. S. Long, K. M. Chugg, and A. Polydoros, “Further results in likelihood classification of qam signals,” in Military Communications Conference, 1994. MILCOM ’94. Conference Record, 1994 IEEE, vol. 1 (1994), pp. 57–61.

Cited By

OSA participates in Crossref's Cited-By Linking service. Citing articles from OSA journals and other participating publishers are listed here.

Alert me when this article is cited.


Figures (7)

Fig. 1
Fig. 1 (a): A typical setup of an FXI experiment. [(b)–(e)]: Four diffraction patterns from a mimivrius taken from [4]. (b) was a blank frame which contains only background scattering. [(c) and (d)] were frames from multiple particles or with contaminants. (e) was a single-particle frame from an icosahedral-shape virus with a relatively strong signal. This is the most interesting pattern and can be used for assembling a 3D structure in later steps. All diffraction patterns are displayed in logarithmic scale.
Fig. 2
Fig. 2 (a): A noisy diffraction pattern from a 180 nm icosahedron. (b): A noisy pattern from a 200 nm icosahedron in the same particle orientation. (c): A noiseless pattern from a 180 nm spheroid.
Fig. 3
Fig. 3 The pattern and the fluence distance of dataset S, which contained 2000 icosahedral diffraction patterns of different sizes, from the EI (a) and the LL (b) classifier. The classification and the fluence distance were defined in [Eq. (15)] and [Eq. (17)], respectively. Both classifiers obtained the smallest distances around the template size (180 nm). (c): The absolute errors in estimating sizes from the EI (blue triangle) and the LL (red star) classifier. On average we obtained a minimum size error of 1 nm at around 180 nm particle size, and a maximum error of 4 nm around the upper boundary of the sizes in our testing dataset.
Fig. 4
Fig. 4 (a): The pattern distances of dataset X. For both classifiers, all icosahedral patterns were located in the perfectly matched region. For the EI classifier, all elongated spheroidal patterns (78 patterns) were rejected. For the remaining 122 accepted spheroidal patterns, 114 were successfully classified as spheroids, and eight frames or 4% of the spheroidal patterns were misclassified. The LL classifier gave one more misclassified spheroidal pattern. [(b) and (c)]: The relationship between the pattern distances and the aspect ratios for the spheroidal patterns from the EI (b) and the LL classifier (c). The red stars were misclassified patterns. The aspect ratio was the ratio of the length of the minor axis to the length of the main axis of the spheroidal particle. [(d)–(h)]: Five combination images, corresponding to the five data points (red circles) in (a) of the EI classifier. The left half of each image was from the testing dataset X, and the right half was the best-matched patterns from the training dataset. The number in each figure was the pattern distance. All figures are drawn in logarithmic scale.
Fig. 5
Fig. 5 A mimivirus diffraction pattern (a) and its central region used for classification (b). The region shown in (b) was the region between two circles in (a).
Fig. 6
Fig. 6 (a): The pattern distances of the mimivirus dataset from the EI and the LL Classifier. 18 of 198 patterns (9.1%) were rejected with a threshold of 0.5 from both classifiers. (b): The relationship between the pattern distance and the sum of the largest 0.035% (the largest 30) rotational probabilities of each diffraction pattern. [(d)–(h)]: Five combination images at the data points from the EI classifier (red circles) in (a) . The left part of each image was from the mimivirus dataset, and the right part was the corresponding template scaled by the recovered fluence. (g) was a slightly elongated pattern and the particle size of (h) was smaller than the template size.
Fig. 7
Fig. 7 Five combination images from the EI classifier for the raw mimivirus data in [31]. The left part of each image was from the mimivirus dataset, and the right part was the corresponding template scaled by the recovered fluence. The color scale is logarithmic and ranges from 0 to 1000 photons per pixel. (a): One of the best accepted diffraction patterns. (b): One selected diffraction pattern with low photon counts: the total number of photons was around 2.4 × 105. (c): A potential water droplet, which was rejected since it was accepted by a sphere template. (d) and (e): Patterns rejected by the size threshold.

Tables (5)

Tables Icon

Table 1 Primary parameters of all datasets.

Tables Icon

Table 2 The average pattern distance for classification as defined in [Eq.(15)] of the EI and the LL classifier. Benchmark is the average distance of the benchmark patterns, and Remaining denotes the distance of the remaining patterns in the testing dataset, with respect to their best-matched templates.

Tables Icon

Table 3 Classification results of dataset X. The threshold of the pattern distance for rejection was set to 0.5. For the cases where the results from the LL classifier were different from the EI classifier, the values from the LL classifier are shown in parentheses.

Tables Icon

Table 4 Classification results of the raw mimivirus dataset [31] from the EI classifier, see text for more details on the classification measures (following [33, 36] closely). In the table, ACC, TPR, PPV, and F1, respectively, abbreviates Accuracy, True Positive Rate, Positive Predictive Value, and F1 score. TPR and PPV are sometimes referred to as the recall and the precision.

Tables Icon

Table 5 Classification results of the raw mimivirus dataset [4] from the LL classifier.

Equations (17)

Equations on this page are rendered with MathJax. Learn more.

A = ( A k ) k = 1 M data = ( T k T ¯ ) k ,
T ¯ = 1 M data k = 1 M data T k .
A T A = V Λ V T ,
U = A V ,
Ω = U T A .
arg k min W k Ω k L 2 ,
W = U T ( P T ¯ ) .
i = 1 M pix P ( P i | T i k , ϕ k ) = i = 1 M pix ( ϕ k T i k ) P i e ϕ k T i k P i ! = : 𝒬 i k ,
ϕ k = i = 1 M pix P i i = 1 M pix T i k .
log ( 𝒬 i k ) i = 1 M pix P i log ( T i k ) + P i log ( ϕ k ) ϕ k T i k = : k ,
arg k max k = arg k max i = 1 M pix P i log ( T i k ) + P i log ( ϕ k ) ϕ k T i k .
P k ~ Poisson ( D k ) , k = 1 , 2 , , M data .
F k ~ Poisson ( Φ k D k ) ,
Φ k ~ 𝒰 { 0.01 , 1.1 } .
C k ( Γ k , R ) = arg min s , Φ ^ k i = 1 M pix ( Φ ^ k U i k ( R , s ) Γ i k ) 2 i = 1 M pix ( Φ ^ k U i k ( R , s ) ) 2 ,
Φ ^ k = i = 1 M pix Γ i k i = 1 M pix U i k ( R , s ) .
E k = ( Φ k Φ ^ k ) 2 Φ k 2 ,

Metrics