Abstract

We show that the symmetries of image formation by scattering enable graph-theoretic manifold-embedding techniques to extract structural and timing information from simulated and experimental snapshots at extremely low signal. The approach constitutes a physically-based, computationally efficient, and noise-robust route to analyzing the large and varied datasets generated by existing and emerging methods for studying structure and dynamics by scattering. We demonstrate three-dimensional structure recovery from X-ray diffraction and cryo-electron microscope image snapshots of unknown orientation, the latter at 12 times lower dose than currently in use. We also show that ultra-low-signal, random sightings of dynamically evolving systems can be sequenced into high quality movies to reveal their evolution. Our approach offers a route to recovering timing information in time-resolved experiments, and extracting 3D movies from two-dimensional random sightings of dynamic systems.

© 2012 OSA

Full Article  |  PDF Article

References

  • View by:
  • |
  • |
  • |

  1. D. Giannakis, P. Schwander, and A. Ourmazd, “The symmetries of image formation by scattering. I. Theoretical framework,” Opt. Express (2012). Submitted.
  2. V. L. Shneerson, A. Ourmazd, and D. K. Saldin, “Crystallography without crystals. i. the common-line method for assembling a 3D diffraction volume from single-particle scattering,” Acta Cryst. A 64, 303–315 (2008).
    [CrossRef]
  3. R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
    [CrossRef]
  4. P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
    [CrossRef]
  5. http://www.youtube.com/watch?v=vqQfARtnsWw .
  6. http://www.youtube.com/watch?v=hbFiNaire4o .
  7. http://www.youtube.com/watch?v=unnHKBCT8XQ .
  8. http://www.youtube.com/watch?v=9Y2DF-X5LSA .
  9. J. Frank, “Single-particle imaging of macromolecules by cryo-electron microscopy,” Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct. 31, 303–319 (2002).
    [CrossRef]
  10. S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
    [CrossRef]
  11. N. T. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
    [CrossRef]
  12. N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
    [CrossRef] [PubMed]
  13. J. B. Tenenbaum, V. de Silva, and J. C. Langford, “A global geometric framework for nonlinear dimensionality reduction,” Science 290, 2319–2323 (2000).
    [CrossRef] [PubMed]
  14. S. T. Roweis and S. K. Saul, “Nonlinear dimensionality reduction by locally linear embedding,” Science 290, 2323–2326 (2000).
    [CrossRef] [PubMed]
  15. M. Belkin and P. Niyogi, “Laplacian eigenmaps for dimensionality reduction and data representation,” Neural Comput. 13, 1373–1396 (2003).
    [CrossRef]
  16. D. L. Donoho and C. Grimes, “Hessian eigenmaps: New locally linear embedding techniques for high-dimensional data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 100, 5591–5596 (2003).
    [CrossRef]
  17. R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
    [CrossRef] [PubMed]
  18. R. R. Coifman and S. Lafon, “Diffusion maps,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 21, 5–30 (2006).
    [CrossRef]
  19. R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
    [CrossRef] [PubMed]
  20. C. M. Bishop, M. Svensen, and C. K. I. Williams, “GTM: The generative topographic mapping,” Neural Computation 463, 379–383 (1998).
  21. R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
    [CrossRef] [PubMed]
  22. A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
    [CrossRef]
  23. J. Frank, Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies: Visualization of Biological Molecules in Their Native State (Oxford University Press, 2006).
    [CrossRef] [PubMed]
  24. A. H. Taub, “Empty space-times admitting a three parameter group of motions,” Ann. Math. 53, 472–490 (1951).
    [CrossRef]
  25. B. L. Hu, “Scalar waves in the mixmaster universe. I. The Helmholtz equation in a fixed background,” Phys. Rev. D 8, 1048–1060 (1973).
    [CrossRef]
  26. L. C. Biedenharn and J. D. Louck, Angular Momentum in Quantum Physics (Addison Wesley, Reading, 1981).
  27. Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.
  28. G. W. Stewart, “Error and perturbation bounds for subspaces associated with certain eigenvalue problems,” SIAM Rev. 15, 727–764 (1973).
    [CrossRef]
  29. L. Lovisolo and E. A. B. da Silva, “Uniform distribution of points on a hyper-sphere with applications to vector bit-plane encoding,” IEEE Proc., Vis. Image Signal Process. 148, 187–193 (2001).
    [CrossRef]
  30. D. T. Cromer and J. B. Mann, “Atomic scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wavefunctions,” Acta Cryst. A 24, 321–324 (1968).
    [CrossRef]
  31. D. E. Knuth, The Art of Computer Programming: Seminumerical Algorithms, 3rd ed., (Addison-Wesley, 1997), Vol. 2.
  32. P. Schwander, “Efficient interpolation of scattering data to an arbitrary grid,” (in preparation, 2012).
  33. L. Palatinus and G. Chapuis, “SUPERFLIP – a computer program for the solution of crystal structures by charge flipping in arbitrary dimensions,” J. Appl. Cryst. 40, 786–790 (2007).
    [CrossRef]
  34. B. Moths and A. Ourmazd, “Bayesian algorithms for recovering structure from single-particle diffraction snapshots of unknown orientation: a comparison,” Acta. Cryst. A67, 481–486 (2011).
  35. H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
    [CrossRef] [PubMed]
  36. J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
    [CrossRef] [PubMed]
  37. S. J. Ludtke, P. R. Baldwin, and W. Chiu, “EMAN: Semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions,” J. Struct. Biol. 128, 82–97 (1999).
    [CrossRef] [PubMed]
  38. J. Frank and L. Al-Ali, “Signal-to-noise ratio of electron micrographs obtained by cross-correlation,” Nature 256, 376–379 (1975).
    [CrossRef] [PubMed]
  39. J. F. M. Svensen, “GTM: The generative topographic mapping,” Ph.D. thesis, Aston University (1998).
  40. J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
    [CrossRef] [PubMed]
  41. J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
    [CrossRef] [PubMed]
  42. J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
    [CrossRef] [PubMed]
  43. M. Balasubramanian and E. L. Schwartz, “The Isomap algorithm and topological stability,” Science 295, 5552 (2002).
    [CrossRef]
  44. B. Zhang, M. J. Fadili, J. L. Starck, and J. C. Olivo-Marin, “Multiscale variance-stabilizing transform for mixed-Poisson-Gaussian processes and its applications in bioimaging,” in Proceedings of IEEE International Conference on Image Processing, 6 (Institute of Electrical and Electronics Engineers, New York), 233–236.
  45. B. Zhang, J. Fadili, and J. Starck, “Wavelets, ridgelets, and curvelets for Poisson noise removal,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1093–1108 (2008).
    [CrossRef] [PubMed]
  46. Y. Guan, “Variance stabilizing transformations of Poisson, binomial and negative binomial distributions,” Stat. Probabil. Lett. 14, 1621–1629 (2009).
  47. L. Zelnik-Manor and P. Perona, “Self-tuning spectral clustering,” in Advances in neural information processing systems,  17 (2004), 1601–1608.
  48. J. Chen and I. Safro, “Algebraic distance on graphs,” SIAM J. Sci. Comput. (2010). Submitted.
  49. UCSF CHIMERA package, Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics, University of California, San Francisco (supported by NIH P41 RR-01081).

2011 (2)

B. Moths and A. Ourmazd, “Bayesian algorithms for recovering structure from single-particle diffraction snapshots of unknown orientation: a comparison,” Acta. Cryst. A67, 481–486 (2011).

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

2010 (7)

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
[CrossRef]

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

2009 (2)

N. T. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[CrossRef]

Y. Guan, “Variance stabilizing transformations of Poisson, binomial and negative binomial distributions,” Stat. Probabil. Lett. 14, 1621–1629 (2009).

2008 (4)

B. Zhang, J. Fadili, and J. Starck, “Wavelets, ridgelets, and curvelets for Poisson noise removal,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1093–1108 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

V. L. Shneerson, A. Ourmazd, and D. K. Saldin, “Crystallography without crystals. i. the common-line method for assembling a 3D diffraction volume from single-particle scattering,” Acta Cryst. A 64, 303–315 (2008).
[CrossRef]

R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
[CrossRef]

2007 (2)

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

L. Palatinus and G. Chapuis, “SUPERFLIP – a computer program for the solution of crystal structures by charge flipping in arbitrary dimensions,” J. Appl. Cryst. 40, 786–790 (2007).
[CrossRef]

2006 (1)

R. R. Coifman and S. Lafon, “Diffusion maps,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 21, 5–30 (2006).
[CrossRef]

2005 (1)

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

2004 (1)

L. Zelnik-Manor and P. Perona, “Self-tuning spectral clustering,” in Advances in neural information processing systems,  17 (2004), 1601–1608.

2003 (2)

M. Belkin and P. Niyogi, “Laplacian eigenmaps for dimensionality reduction and data representation,” Neural Comput. 13, 1373–1396 (2003).
[CrossRef]

D. L. Donoho and C. Grimes, “Hessian eigenmaps: New locally linear embedding techniques for high-dimensional data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 100, 5591–5596 (2003).
[CrossRef]

2002 (2)

J. Frank, “Single-particle imaging of macromolecules by cryo-electron microscopy,” Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct. 31, 303–319 (2002).
[CrossRef]

M. Balasubramanian and E. L. Schwartz, “The Isomap algorithm and topological stability,” Science 295, 5552 (2002).
[CrossRef]

2001 (1)

L. Lovisolo and E. A. B. da Silva, “Uniform distribution of points on a hyper-sphere with applications to vector bit-plane encoding,” IEEE Proc., Vis. Image Signal Process. 148, 187–193 (2001).
[CrossRef]

2000 (2)

J. B. Tenenbaum, V. de Silva, and J. C. Langford, “A global geometric framework for nonlinear dimensionality reduction,” Science 290, 2319–2323 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

S. T. Roweis and S. K. Saul, “Nonlinear dimensionality reduction by locally linear embedding,” Science 290, 2323–2326 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

1999 (1)

S. J. Ludtke, P. R. Baldwin, and W. Chiu, “EMAN: Semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions,” J. Struct. Biol. 128, 82–97 (1999).
[CrossRef] [PubMed]

1998 (1)

C. M. Bishop, M. Svensen, and C. K. I. Williams, “GTM: The generative topographic mapping,” Neural Computation 463, 379–383 (1998).

1996 (1)

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

1975 (1)

J. Frank and L. Al-Ali, “Signal-to-noise ratio of electron micrographs obtained by cross-correlation,” Nature 256, 376–379 (1975).
[CrossRef] [PubMed]

1973 (2)

B. L. Hu, “Scalar waves in the mixmaster universe. I. The Helmholtz equation in a fixed background,” Phys. Rev. D 8, 1048–1060 (1973).
[CrossRef]

G. W. Stewart, “Error and perturbation bounds for subspaces associated with certain eigenvalue problems,” SIAM Rev. 15, 727–764 (1973).
[CrossRef]

1968 (1)

D. T. Cromer and J. B. Mann, “Atomic scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wavefunctions,” Acta Cryst. A 24, 321–324 (1968).
[CrossRef]

1951 (1)

A. H. Taub, “Empty space-times admitting a three parameter group of motions,” Ann. Math. 53, 472–490 (1951).
[CrossRef]

Adolph, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Al-Ali, L.

J. Frank and L. Al-Ali, “Signal-to-noise ratio of electron micrographs obtained by cross-correlation,” Nature 256, 376–379 (1975).
[CrossRef] [PubMed]

Andersson, I.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Andreasson, J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Andritschke, R.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Aquila, A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Bajt, S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Baker, M. L.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Balasubramanian, M.

M. Balasubramanian and E. L. Schwartz, “The Isomap algorithm and topological stability,” Science 295, 5552 (2002).
[CrossRef]

Baldwin, P. R.

S. J. Ludtke, P. R. Baldwin, and W. Chiu, “EMAN: Semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions,” J. Struct. Biol. 128, 82–97 (1999).
[CrossRef] [PubMed]

Barends, T. R. M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Barthelmess, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Barty, A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Belkacem, A.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Belkin, M.

M. Belkin and P. Niyogi, “Laplacian eigenmaps for dimensionality reduction and data representation,” Neural Comput. 13, 1373–1396 (2003).
[CrossRef]

Berrah, N.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Biedenharn, L. C.

L. C. Biedenharn and J. D. Louck, Angular Momentum in Quantum Physics (Addison Wesley, Reading, 1981).

Bishop, C. M.

C. M. Bishop, M. Svensen, and C. K. I. Williams, “GTM: The generative topographic mapping,” Neural Computation 463, 379–383 (1998).

Blaga, C. I.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Bogan, M. J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Bostedt, C.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Bott, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Boutet, S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Bozek, J.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Bozek, J. D.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Bucksbaum, P. H.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Buth, C.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Caleman, C.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Carazo, J.-M.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Chapman, H. N.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Chapuis, G.

L. Palatinus and G. Chapuis, “SUPERFLIP – a computer program for the solution of crystal structures by charge flipping in arbitrary dimensions,” J. Appl. Cryst. 40, 786–790 (2007).
[CrossRef]

Chen, J.

J. Chen and I. Safro, “Algebraic distance on graphs,” SIAM J. Sci. Comput. (2010). Submitted.

Chester, D. W.

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

Chiu, W.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

S. J. Ludtke, P. R. Baldwin, and W. Chiu, “EMAN: Semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions,” J. Struct. Biol. 128, 82–97 (1999).
[CrossRef] [PubMed]

Coffee, R. N.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Coifman, R. R.

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

R. R. Coifman and S. Lafon, “Diffusion maps,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 21, 5–30 (2006).
[CrossRef]

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Coppola, N.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Cromer, D. T.

D. T. Cromer and J. B. Mann, “Atomic scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wavefunctions,” Acta Cryst. A 24, 321–324 (1968).
[CrossRef]

Cryan, J.

Cryan, J. P.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

da Silva, E. A. B.

L. Lovisolo and E. A. B. da Silva, “Uniform distribution of points on a hyper-sphere with applications to vector bit-plane encoding,” IEEE Proc., Vis. Image Signal Process. 148, 187–193 (2001).
[CrossRef]

de Silva, V.

J. B. Tenenbaum, V. de Silva, and J. C. Langford, “A global geometric framework for nonlinear dimensionality reduction,” Science 290, 2319–2323 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

Denker, J. S.

Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.

De-Ponte, D. P.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

DiMauro, L. F.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Di-Mauro, L. F.

Doak, R. B.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Donoho, D. L.

D. L. Donoho and C. Grimes, “Hessian eigenmaps: New locally linear embedding techniques for high-dimensional data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 100, 5591–5596 (2003).
[CrossRef]

Dougherty, M.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Douglas, N. R.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Eggermont, P. P. B.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Elser, V.

N. T. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[CrossRef]

Epp, S. W.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Erk, B.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Fadili, J.

B. Zhang, J. Fadili, and J. Starck, “Wavelets, ridgelets, and curvelets for Poisson noise removal,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1093–1108 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

Fadili, M. J.

B. Zhang, M. J. Fadili, J. L. Starck, and J. C. Olivo-Marin, “Multiscale variance-stabilizing transform for mixed-Poisson-Gaussian processes and its applications in bioimaging,” in Proceedings of IEEE International Conference on Image Processing, 6 (Institute of Electrical and Electronics Engineers, New York), 233–236.

Fang, L.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Fischer, N.

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Foucar, L.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Frank, J.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

J. Frank, “Single-particle imaging of macromolecules by cryo-electron microscopy,” Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct. 31, 303–319 (2002).
[CrossRef]

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

J. Frank and L. Al-Ali, “Signal-to-noise ratio of electron micrographs obtained by cross-correlation,” Nature 256, 376–379 (1975).
[CrossRef] [PubMed]

J. Frank, Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies: Visualization of Biological Molecules in Their Native State (Oxford University Press, 2006).
[CrossRef] [PubMed]

Frank, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Frisch, J.

Fromme, P.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Fromme, R.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Frydman, J.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Fu, C. J.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Fung, R.

P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
[CrossRef]

R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
[CrossRef]

Gao, H.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Gessner, O.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Giannakis, D.

D. Giannakis, P. Schwander, and A. Ourmazd, “The symmetries of image formation by scattering. I. Theoretical framework,” Opt. Express (2012). Submitted.

Glownia, J M.

Glownia, J. M.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Gorke, H.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Gorkhover, T.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Graafsma, H.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Grimes, C.

D. L. Donoho and C. Grimes, “Hessian eigenmaps: New locally linear embedding techniques for high-dimensional data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 100, 5591–5596 (2003).
[CrossRef]

Grotjohann, I.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Guan, Y.

Y. Guan, “Variance stabilizing transformations of Poisson, binomial and negative binomial distributions,” Stat. Probabil. Lett. 14, 1621–1629 (2009).

Guehr, M.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Gühr, M.

Gumprecht, L.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hajdu, J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Hampton, C. Y.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hartmann, R.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hau-Riege, S. P.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hauser, G.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Herman, G. T.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Herrmann, S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hertlein, M. P.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Hirsemann, H.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hoener, M.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Holl, P.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Holton, J. M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Hömke, A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Howard, R. E.

Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.

Hu, B. L.

B. L. Hu, “Scalar waves in the mixmaster universe. I. The Helmholtz equation in a fixed background,” Phys. Rev. D 8, 1048–1060 (1973).
[CrossRef]

Huang, G.

Hunter, M. S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Jackel, L. D.

Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.

Jakana, J.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Jönsson, O.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Kimmel, N.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Kirian, R. A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Knuth, D. E.

D. E. Knuth, The Art of Computer Programming: Seminumerical Algorithms, 3rd ed., (Addison-Wesley, 1997), Vol. 2.

Konevega, A. L.

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Kornilov, O.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Krasniqi, F.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Krzywinski, J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Kühnel, K.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Ladjadj, M.

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Lafon, S.

R. R. Coifman and S. Lafon, “Diffusion maps,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 21, 5–30 (2006).
[CrossRef]

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Langford, J. C.

J. B. Tenenbaum, V. de Silva, and J. C. Langford, “A global geometric framework for nonlinear dimensionality reduction,” Science 290, 2319–2323 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

LeCun, Y.

Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.

Lee, A. B.

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Leith, A.

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Levitt, M.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Li, Y.

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Liang, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Loh, N. T. D.

N. T. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[CrossRef]

Lomb, L.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Louck, J. D.

L. C. Biedenharn and J. D. Louck, Angular Momentum in Quantum Physics (Addison Wesley, Reading, 1981).

Lovisolo, L.

L. Lovisolo and E. A. B. da Silva, “Uniform distribution of points on a hyper-sphere with applications to vector bit-plane encoding,” IEEE Proc., Vis. Image Signal Process. 148, 187–193 (2001).
[CrossRef]

Ludtke, S. J.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

S. J. Ludtke, P. R. Baldwin, and W. Chiu, “EMAN: Semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions,” J. Struct. Biol. 128, 82–97 (1999).
[CrossRef] [PubMed]

Maggioni, M.

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Maia, F. R. N. C.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Mann, J. B.

D. T. Cromer and J. B. Mann, “Atomic scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wavefunctions,” Acta Cryst. A 24, 321–324 (1968).
[CrossRef]

Marangos, J. P.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

March, A. M.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Marchesini, S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Martin, A. V.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

McFarland, B. K.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Merdji, H.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Messerschmidt, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Moths, B.

B. Moths and A. Ourmazd, “Bayesian algorithms for recovering structure from single-particle diffraction snapshots of unknown orientation: a comparison,” Acta. Cryst. A67, 481–486 (2011).

Nadler, B.

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Nass, K.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Neutze, R.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Nilsson, B.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Niyogi, P.

M. Belkin and P. Niyogi, “Laplacian eigenmaps for dimensionality reduction and data representation,” Neural Comput. 13, 1373–1396 (2003).
[CrossRef]

Olivo-Marin, J. C.

B. Zhang, M. J. Fadili, J. L. Starck, and J. C. Olivo-Marin, “Multiscale variance-stabilizing transform for mixed-Poisson-Gaussian processes and its applications in bioimaging,” in Proceedings of IEEE International Conference on Image Processing, 6 (Institute of Electrical and Electronics Engineers, New York), 233–236.

Ourmazd, A.

B. Moths and A. Ourmazd, “Bayesian algorithms for recovering structure from single-particle diffraction snapshots of unknown orientation: a comparison,” Acta. Cryst. A67, 481–486 (2011).

P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
[CrossRef]

R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
[CrossRef]

V. L. Shneerson, A. Ourmazd, and D. K. Saldin, “Crystallography without crystals. i. the common-line method for assembling a 3D diffraction volume from single-particle scattering,” Acta Cryst. A 64, 303–315 (2008).
[CrossRef]

D. Giannakis, P. Schwander, and A. Ourmazd, “The symmetries of image formation by scattering. I. Theoretical framework,” Opt. Express (2012). Submitted.

Palatinus, L.

L. Palatinus and G. Chapuis, “SUPERFLIP – a computer program for the solution of crystal structures by charge flipping in arbitrary dimensions,” J. Appl. Cryst. 40, 786–790 (2007).
[CrossRef]

Penczek, P.

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Perona, P.

L. Zelnik-Manor and P. Perona, “Self-tuning spectral clustering,” in Advances in neural information processing systems,  17 (2004), 1601–1608.

Petrovic, V. S.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Phillips, G. N.

P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
[CrossRef]

Pietschner, D.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Potdevin, G.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Radermacher, M.

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Raman, C.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Ray, D.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Reich, C.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Reis, D.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Reis, D. A.

Reissmann, S.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Rocker, A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Rodnina, M. V.

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Rolles, D.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Roweis, S. T.

S. T. Roweis and S. K. Saul, “Nonlinear dimensionality reduction by locally linear embedding,” Science 290, 2323–2326 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

Rudek, B.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Rudenko, A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Rupp, D.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Safro, I.

J. Chen and I. Safro, “Algebraic distance on graphs,” SIAM J. Sci. Comput. (2010). Submitted.

Saldin, D. K.

R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
[CrossRef]

V. L. Shneerson, A. Ourmazd, and D. K. Saldin, “Crystallography without crystals. i. the common-line method for assembling a 3D diffraction volume from single-particle scattering,” Acta Cryst. A 64, 303–315 (2008).
[CrossRef]

Saul, S. K.

S. T. Roweis and S. K. Saul, “Nonlinear dimensionality reduction by locally linear embedding,” Science 290, 2323–2326 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

Schaller, G.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Scheres, S. H. W.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Schlichting, I.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schmidt, C.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schmidt, K. E.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schopper, F.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schorb, S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schröder, G. F.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Schröter, C.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schulz, J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Schwander, P.

P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
[CrossRef]

D. Giannakis, P. Schwander, and A. Ourmazd, “The symmetries of image formation by scattering. I. Theoretical framework,” Opt. Express (2012). Submitted.

P. Schwander, “Efficient interpolation of scattering data to an arbitrary grid,” (in preparation, 2012).

Schwartz, E. L.

M. Balasubramanian and E. L. Schwartz, “The Isomap algorithm and topological stability,” Science 295, 5552 (2002).
[CrossRef]

Seibert, M. M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Shkolnisky, Y.

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

Shneerson, V.

R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
[CrossRef]

Shneerson, V. L.

V. L. Shneerson, A. Ourmazd, and D. K. Saldin, “Crystallography without crystals. i. the common-line method for assembling a 3D diffraction volume from single-particle scattering,” Acta Cryst. A 64, 303–315 (2008).
[CrossRef]

Shoeman, R. L.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Sierra, R. G.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Sigworth, F. J.

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

Singer, A.

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

Solla, S.

Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.

Soltau, H.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Spence, J. C. H.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Starck, J.

B. Zhang, J. Fadili, and J. Starck, “Wavelets, ridgelets, and curvelets for Poisson noise removal,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1093–1108 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

Starck, J. L.

B. Zhang, M. J. Fadili, J. L. Starck, and J. C. Olivo-Marin, “Multiscale variance-stabilizing transform for mixed-Poisson-Gaussian processes and its applications in bioimaging,” in Proceedings of IEEE International Conference on Image Processing, 6 (Institute of Electrical and Electronics Engineers, New York), 233–236.

Stark, H.

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Starodub, D.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Stern, S.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Stewart, G. W.

G. W. Stewart, “Error and perturbation bounds for subspaces associated with certain eigenvalue problems,” SIAM Rev. 15, 727–764 (1973).
[CrossRef]

Strüder, L.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Svenda, M.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Svensen, J. F. M.

J. F. M. Svensen, “GTM: The generative topographic mapping,” Ph.D. thesis, Aston University (1998).

Svensen, M.

C. M. Bishop, M. Svensen, and C. K. I. Williams, “GTM: The generative topographic mapping,” Neural Computation 463, 379–383 (1998).

Tarantelli, F.

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Taub, A. H.

A. H. Taub, “Empty space-times admitting a three parameter group of motions,” Ann. Math. 53, 472–490 (1951).
[CrossRef]

Tenenbaum, J. B.

J. B. Tenenbaum, V. de Silva, and J. C. Langford, “A global geometric framework for nonlinear dimensionality reduction,” Science 290, 2319–2323 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

Timneanu, N.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Trigo, M.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Ullrich, J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Valle, M.

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Wang, X.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Warner, F.

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Weidenspointner, G.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Weierstall, U.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

White, J. L.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

White, T. A.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

White, W.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Wilcox, R.

Williams, C. K. I.

C. M. Bishop, M. Svensen, and C. K. I. Williams, “GTM: The generative topographic mapping,” Neural Computation 463, 379–383 (1998).

Williams, G. J.

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

Wintermeyer, W.

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Young, L.

J M. Glownia, J. Cryan, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, L. F. Di-Mauro, L. Fang, J. Frisch, O. Gessner, M. Gühr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, G. Huang, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrovic, C. Raman, D. Ray, D. A. Reis, M. Trigo, J. L. White, W. White, R. Wilcox, L. Young, R. N. Coffee, and P. H. Bucksbaum, “Time-resolved pump-probe experiments at the LCLS,” Opt. Express 18, 17620–17630 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Zelnik-Manor, L.

L. Zelnik-Manor and P. Perona, “Self-tuning spectral clustering,” in Advances in neural information processing systems,  17 (2004), 1601–1608.

Zhang, B.

B. Zhang, J. Fadili, and J. Starck, “Wavelets, ridgelets, and curvelets for Poisson noise removal,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1093–1108 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

B. Zhang, M. J. Fadili, J. L. Starck, and J. C. Olivo-Marin, “Multiscale variance-stabilizing transform for mixed-Poisson-Gaussian processes and its applications in bioimaging,” in Proceedings of IEEE International Conference on Image Processing, 6 (Institute of Electrical and Electronics Engineers, New York), 233–236.

Zhang, J.

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Zhu, J.

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Zucker, S.

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Acta Cryst. A (2)

V. L. Shneerson, A. Ourmazd, and D. K. Saldin, “Crystallography without crystals. i. the common-line method for assembling a 3D diffraction volume from single-particle scattering,” Acta Cryst. A 64, 303–315 (2008).
[CrossRef]

D. T. Cromer and J. B. Mann, “Atomic scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wavefunctions,” Acta Cryst. A 24, 321–324 (1968).
[CrossRef]

Acta. Cryst. (1)

B. Moths and A. Ourmazd, “Bayesian algorithms for recovering structure from single-particle diffraction snapshots of unknown orientation: a comparison,” Acta. Cryst. A67, 481–486 (2011).

Advances in neural information processing systems (1)

L. Zelnik-Manor and P. Perona, “Self-tuning spectral clustering,” in Advances in neural information processing systems,  17 (2004), 1601–1608.

Ann. Math. (1)

A. H. Taub, “Empty space-times admitting a three parameter group of motions,” Ann. Math. 53, 472–490 (1951).
[CrossRef]

Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct. (1)

J. Frank, “Single-particle imaging of macromolecules by cryo-electron microscopy,” Annu. Rev. Biophys. Biomolec. Struct. 31, 303–319 (2002).
[CrossRef]

Appl. Comput. Harmon. Anal. (2)

R. R. Coifman and S. Lafon, “Diffusion maps,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 21, 5–30 (2006).
[CrossRef]

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Reference free structure determination through eigenvectors of center of mass operators,” Appl. Comput. Harmon. Anal. 28, 296–312 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

IEEE Proc., Vis. Image Signal Process. (1)

L. Lovisolo and E. A. B. da Silva, “Uniform distribution of points on a hyper-sphere with applications to vector bit-plane encoding,” IEEE Proc., Vis. Image Signal Process. 148, 187–193 (2001).
[CrossRef]

IEEE Trans. Image Process. (2)

R. R. Coifman, Y. Shkolnisky, F. J. Sigworth, and A. Singer, “Graph Laplacian tomography from unknown random projections,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1891–1899 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

B. Zhang, J. Fadili, and J. Starck, “Wavelets, ridgelets, and curvelets for Poisson noise removal,” IEEE Trans. Image Process. 17, 1093–1108 (2008).
[CrossRef] [PubMed]

J. Appl. Cryst. (1)

L. Palatinus and G. Chapuis, “SUPERFLIP – a computer program for the solution of crystal structures by charge flipping in arbitrary dimensions,” J. Appl. Cryst. 40, 786–790 (2007).
[CrossRef]

J. Struct. Biol. (3)

A. Singer, R. R. Coifman, F. J. Sigworth, D. W. Chester, and Y. Shkolnisky, “Detecting consistent common lines in cryo-EM by voting,” J. Struct. Biol. 169, 312–322 (2010).
[CrossRef]

S. J. Ludtke, P. R. Baldwin, and W. Chiu, “EMAN: Semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions,” J. Struct. Biol. 128, 82–97 (1999).
[CrossRef] [PubMed]

J. Frank, M. Radermacher, P. Penczek, J. Zhu, Y. Li, M. Ladjadj, and A. Leith, “SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields,” J. Struct. Biol. 116, 190 (1996).
[CrossRef] [PubMed]

Nat. Phys. (1)

R. Fung, V. Shneerson, D. K. Saldin, and A. Ourmazd, “Structure from fleeting illumination of faint spinning objects in flight,” Nat. Phys. 5, 64–67 (2008).
[CrossRef]

Nature (4)

N. Fischer, A. L. Konevega, W. Wintermeyer, M. V. Rodnina, and H. Stark, “Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy.” Nature 466, 329–333 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

J. Frank and L. Al-Ali, “Signal-to-noise ratio of electron micrographs obtained by cross-correlation,” Nature 256, 376–379 (1975).
[CrossRef] [PubMed]

H. N. Chapman, P. Fromme, A. Barty, T. A. White, R. A. Kirian, A. Aquila, M. S. Hunter, J. Schulz, D. P. De-Ponte, U. Weierstall, R. B. Doak, F. R. N. C. Maia, A. V. Martin, I. Schlichting, L. Lomb, N. Coppola, R. L. Shoeman, S. W. Epp, R. Hartmann, D. Rolles, A. Rudenko, L. Foucar, N. Kimmel, G. Weidenspointner, P. Holl, M. Liang, M. Barthelmess, C. Caleman, S. Boutet, M. J. Bogan, J. Krzywinski, C. Bostedt, S. Bajt, L. Gumprecht, B. Rudek, B. Erk, C. Schmidt, A. Hömke, C. Reich, D. Pietschner, L. Strüder, G. Hauser, H. Gorke, J. Ullrich, S. Herrmann, G. Schaller, F. Schopper, H. Soltau, K. Kühnel, M. Messerschmidt, J. D. Bozek, S. P. Hau-Riege, M. Frank, C. Y. Hampton, R. G. Sierra, D. Starodub, G. J. Williams, J. Hajdu, N. Timneanu, M. M. Seibert, J. Andreasson, A. Rocker, O. Jönsson, M. Svenda, S. Stern, K. Nass, R. Andritschke, C. Schröter, F. Krasniqi, M. Bott, K. E. Schmidt, X. Wang, I. Grotjohann, J. M. Holton, T. R. M. Barends, R. Neutze, S. Marchesini, R. Fromme, S. Schorb, D. Rupp, M. Adolph, T. Gorkhover, I. Andersson, H. Hirsemann, G. Potdevin, H. Graafsma, B. Nilsson, and J. C. H. Spence, “Femtosecond X-ray protein nanocrystallography,” Nature 470, 73–77 (2011).
[CrossRef] [PubMed]

J. Zhang, M. L. Baker, G. F. Schröder, N. R. Douglas, S. Reissmann, J. Jakana, M. Dougherty, C. J. Fu, M. Levitt, S. J. Ludtke, J. Frydman, and W. Chiu, “Mechanism of folding chamber closure in a group II chaperonin,” Nature 463, 379–383 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Nature Methods (1)

S. H. W. Scheres, H. Gao, M. Valle, G. T. Herman, P. P. B. Eggermont, J. Frank, and J.-M. Carazo, “Disentangling conformational states of macromolecules in 3D-EM through likelihood optimization,” Nature Methods 4, 27–29 (2007).
[CrossRef]

Neural Comput. (1)

M. Belkin and P. Niyogi, “Laplacian eigenmaps for dimensionality reduction and data representation,” Neural Comput. 13, 1373–1396 (2003).
[CrossRef]

Neural Computation (1)

C. M. Bishop, M. Svensen, and C. K. I. Williams, “GTM: The generative topographic mapping,” Neural Computation 463, 379–383 (1998).

New J. Phys. (1)

P. Schwander, R. Fung, G. N. Phillips, and A. Ourmazd, “Mapping the conformations of biological assemblies,” New J. Phys. 12, 1–15 (2010).
[CrossRef]

Opt. Express (1)

Phys. Rev. D (1)

B. L. Hu, “Scalar waves in the mixmaster universe. I. The Helmholtz equation in a fixed background,” Phys. Rev. D 8, 1048–1060 (1973).
[CrossRef]

Phys. Rev. E (1)

N. T. D. Loh and V. Elser, “Reconstruction algorithm for single-particle diffraction imaging experiments,” Phys. Rev. E 80, 026705 (2009).
[CrossRef]

Phys. Rev. Lett. (1)

J. P. Cryan, J. M. Glownia, J. Andreasson, A. Belkacem, N. Berrah, C. I. Blaga, C. Bostedt, J. Bozek, C. Buth, L. F. DiMauro, L. Fang, O. Gessner, M. Guehr, J. Hajdu, M. P. Hertlein, M. Hoener, O. Kornilov, J. P. Marangos, A. M. March, B. K. McFarland, H. Merdji, V. S. Petrović, C. Raman, D. Ray, D. Reis, F. Tarantelli, M. Trigo, J. L. White, W. White, L. Young, P. H. Bucksbaum, and R. N. Coffee, “Auger electron angular distribution of double core-hole states in the molecular reference frame,” Phys. Rev. Lett. 105, 083004 (2010).
[CrossRef] [PubMed]

Proc. Natl. Acad. Sci. (2)

D. L. Donoho and C. Grimes, “Hessian eigenmaps: New locally linear embedding techniques for high-dimensional data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 100, 5591–5596 (2003).
[CrossRef]

R. R. Coifman, S. Lafon, A. B. Lee, M. Maggioni, B. Nadler, F. Warner, and S. Zucker, “Geometric diffusions as a tool for harmonic analysis and structure definition on data,” Proc. Natl. Acad. Sci. 102, 7426–7431 (2005).
[CrossRef] [PubMed]

Science (3)

J. B. Tenenbaum, V. de Silva, and J. C. Langford, “A global geometric framework for nonlinear dimensionality reduction,” Science 290, 2319–2323 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

S. T. Roweis and S. K. Saul, “Nonlinear dimensionality reduction by locally linear embedding,” Science 290, 2323–2326 (2000).
[CrossRef] [PubMed]

M. Balasubramanian and E. L. Schwartz, “The Isomap algorithm and topological stability,” Science 295, 5552 (2002).
[CrossRef]

SIAM Rev. (1)

G. W. Stewart, “Error and perturbation bounds for subspaces associated with certain eigenvalue problems,” SIAM Rev. 15, 727–764 (1973).
[CrossRef]

Stat. Probabil. Lett. (1)

Y. Guan, “Variance stabilizing transformations of Poisson, binomial and negative binomial distributions,” Stat. Probabil. Lett. 14, 1621–1629 (2009).

Other (14)

J. Chen and I. Safro, “Algebraic distance on graphs,” SIAM J. Sci. Comput. (2010). Submitted.

UCSF CHIMERA package, Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics, University of California, San Francisco (supported by NIH P41 RR-01081).

D. Giannakis, P. Schwander, and A. Ourmazd, “The symmetries of image formation by scattering. I. Theoretical framework,” Opt. Express (2012). Submitted.

J. Frank, Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies: Visualization of Biological Molecules in Their Native State (Oxford University Press, 2006).
[CrossRef] [PubMed]

D. E. Knuth, The Art of Computer Programming: Seminumerical Algorithms, 3rd ed., (Addison-Wesley, 1997), Vol. 2.

P. Schwander, “Efficient interpolation of scattering data to an arbitrary grid,” (in preparation, 2012).

B. Zhang, M. J. Fadili, J. L. Starck, and J. C. Olivo-Marin, “Multiscale variance-stabilizing transform for mixed-Poisson-Gaussian processes and its applications in bioimaging,” in Proceedings of IEEE International Conference on Image Processing, 6 (Institute of Electrical and Electronics Engineers, New York), 233–236.

J. F. M. Svensen, “GTM: The generative topographic mapping,” Ph.D. thesis, Aston University (1998).

http://www.youtube.com/watch?v=vqQfARtnsWw .

http://www.youtube.com/watch?v=hbFiNaire4o .

http://www.youtube.com/watch?v=unnHKBCT8XQ .

http://www.youtube.com/watch?v=9Y2DF-X5LSA .

L. C. Biedenharn and J. D. Louck, Angular Momentum in Quantum Physics (Addison Wesley, Reading, 1981).

Y. LeCun, J. S. Denker, S. Solla, R. E. Howard, and L. D. Jackel, “Optimal brain damage,” in Advances in Neural Information Processing Systems (NIPS 1989), 2, D. Touretzky, ed. (Morgan Kaufman, Denver, CO, 1990), pp. 598–605.

Cited By

OSA participates in CrossRef's Cited-By Linking service. Citing articles from OSA journals and other participating publishers are listed here.

Alert me when this article is cited.


Figures (8)

Fig. 1
Fig. 1

(a) Least-squares residual ��*, (b) invariant-subspace distance γ, (c) RMS internal distance error ε, shown as a function of the local-averaging iteration count. In Panel (a), ��* has been normalized by the number of samples r = 8 × 104 used for least-squares fitting.

Fig. 2
Fig. 2

Three-dimensional electron density of the synthetic protein chignolin, recovered from 2 × 106 noisy diffraction patterns of unknown orientation at a mean photon count of 0.04 per pixel at 1.8 Å resolution. The ball-and-stick model represents the actual structure.

Fig. 3
Fig. 3

(a) Typical experimental diffraction pattern of superoxide dismutase-1. (b) The embedding of the geodesic distances in the space of the first three eigenvectors, with each point representing a diffraction pattern. (c) Relation between the correct and the determined orientations.

Fig. 4
Fig. 4

(a) Experimental cryo-electron micrograph of a chaperonin molecule at a mean electron count of 20/Å2 (SNR = −6 dB). (b) Image obtained by averaging the members of an orientation class. (c) Image generated (lifted) from the data manifold. (d) Experimental micrograph of chaperonin molecule processed to reflect a mean electron count of 1.7/Å2 (SNR = −16 dB). (e) Image lifted from the data manifold. (f) 3D reconstruction with simulated images. (g) 3D reconstruction with lifted images at a snapshot dose of 20/Å2. (h) 3D reconstruction with lifted images at a snapshot dose of 1.7/Å2.

Fig. 5
Fig. 5

Top row: First five frames of 35,000 randomly-sequenced snapshots of a pirouette preprocessed to reflect a mean photon count of 0.08 per pixel with added background and shot noise, corresponding to a signal-to-noise ratio of −21 dB. Bottom row: Five evenly-spaced images extracted from the Diffusion Map manifold. (See also [7] for a movie.)

Fig. 6
Fig. 6

Top row: First four frames of 10,000 randomly-sequenced snapshots of a pas de deux preprocessed to reflect a mean photon count of 0.8 per pixel with added background and shot noise, corresponding to a signal-to-noise ratio of −11 dB. Bottom row: Four evenly-spaced images extracted from the Isomap manifold. (See also [8] for a movie.)

Fig. 7
Fig. 7

The effect of denoising on two million images of chignolin at at MPC = 0.04 per Shannon pixel at 1.8 Å resolution. The evolution of the cumulative distribution function of the Pearson correlations with the noise-free images and the associated means and standard deviations demonstrate that noisy images tend toward their noise-free counterparts.

Fig. 8
Fig. 8

Evolution of a noisy snapshot of chignolin toward its noise-free counterpart with denoising iteration.

Tables (5)

Tables Icon

Table 1 Summary of applications. For Diffusion Map see Refs. [17,18], Isomap Ref. [13], GTM Refs. [3, 20].

Tables Icon

Table 2 Manifold-lifting algorithm based on GTM

Tables Icon

Table 3 Orientation-recovery for noisy snapshots

Tables Icon

Table 4 Orientation-recovery using a self-tuning kernel

Tables Icon

Table 5 Calculation of the sparse transition probability matrix Pε in Diffusion Map, reproduced from Paper I for convenience.

Equations (15)

Equations on this page are rendered with MathJax. Learn more.

ɛ = [ 1 s ( s 1 ) i j ( D ˜ i j D i j ) 2 ] 1 / 2 ,
γ = Π ˜ Π 2 ,
R = i ( | F ˜ i | | F i | ) 2 i | F i | 2 .
SNR = 10 log 10 mean ( C i j / ( 1 C i j ) ) ,
a _ i a ˜ _ i = κ a _ i + δ a _ i ,
δ a _ i = ( δ a i 1 , δ a i 2 , , δ a in ) T , δ a i j = I i j 1 / 2 κ a i j .
˜ = { a ˜ _ 1 , a ˜ _ 2 , , a ˜ _ s }
I _ ( I * H σ ) ( r ) = d r I ( r ) H σ ( r r ) ,
H σ ( r ) = exp ( r 2 / 2 σ 2 ) / ( 2 π σ 2 ) 1 / 2 .
I _ I _ 1 / 2 + ( I _ + 1 ) 1 / 2 .
VST ( I ; σ ) = ( I * H σ ) 1 / 2 + [ ( I * H σ ) + 1 ] 1 / 2 .
˜ = { a ˜ _ 1 , a ˜ _ 2 , , a ˜ _ s } , a ˜ _ i = VST ( k = 1 l I _ N i k ; σ ) .
𝒦 ( a _ i , a _ j ) = exp ( a _ i a _ j 2 / ( ɛ i ɛ j ) 1 / 2 ) .
W i j = { 1 , if i = j , exp ( S i k 2 / ɛ ) , if j = N i k , W j i , if W i j 0 , 0 , otherwise .
˜ i = VSTL ( I ; σ , N i 1 )

Metrics