Abstract

Angiogenesis is recognized as a crucial component of many neurovascular diseases such as stroke, carcinogenesis, and neurotoxicity of abused drug. The ability to track angiogenesis will facilitate a better understanding of disease progression and assessment of therapeutical effects. Optical coherence angiography (OCTA) is a promising tool to assess 3D microvascular networks due to its micron-level resolution, high sensitivity, and relatively large field of view. However, quantitative OCTA image analysis for characterization of microvascular network changes, including accurately tracking the progression of angiogenesis, remains a challenge. In this paper, we proposed an angiogenesis tracking algorithm which combines improved vessel segmentation and brain boundary detection methods to significantly enhance time-lapse OCTA images for quantification of microvascular network changes. Specifically, top-hat enhancement and optimally oriented flux (OOF) algorithms facilitated accurate segmentation of cerebrovascular networks (including capillaries); graph-search based brain boundary detection enabled coregistration of 3D OCTA data sets from different time points for accurate vessel density assessment and analysis of their changes in various cortical layers. Results show that this algorithm significantly enhanced the accuracy of vessel segmentation compared to Hessian method. Application to chronic cocaine intoxication study shows effectively reduced errors in chronic tracking of microvasculature and more accurate assessment of vessel density changes induced by angiogenesis.

© 2017 Optical Society of America under the terms of the OSA Open Access Publishing Agreement

Full Article  |  PDF Article
OSA Recommended Articles
Optical coherence Doppler tomography for quantitative cerebral blood flow imaging

Jiang You, Congwu Du, Nora D. Volkow, and Yingtian Pan
Biomed. Opt. Express 5(9) 3217-3230 (2014)

Multi-parametric quantitative microvascular imaging with optical-resolution photoacoustic microscopy in vivo

Zhenyuan Yang, Jianhua Chen, Junjie Yao, Riqiang Lin, Jing Meng, Chengbo Liu, Jinhua Yang, Xiang Li, Lihong Wang, and Liang Song
Opt. Express 22(2) 1500-1511 (2014)

Comparison of amplitude-decorrelation, speckle-variance and phase-variance OCT angiography methods for imaging the human retina and choroid

Iwona Gorczynska, Justin V. Migacz, Robert J. Zawadzki, Arlie G. Capps, and John S. Werner
Biomed. Opt. Express 7(3) 911-942 (2016)

References

  • View by:
  • |
  • |
  • |

  1. A. Mariampillai, B. A. Standish, E. H. Moriyama, M. Khurana, N. R. Munce, M. K. K. Leung, J. Jiang, A. Cable, B. C. Wilson, I. A. Vitkin, and V. X. D. Yang, “Speckle variance detection of microvasculature using swept-source optical coherence tomography,” Opt. Lett. 33(13), 1530–1532 (2008).
    [PubMed]
  2. B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
    [PubMed]
  3. V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
    [PubMed]
  4. Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
    [PubMed]
  5. J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).
  6. Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
    [PubMed]
  7. R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
    [PubMed]
  8. H. C. Hendargo, R. Estrada, S. J. Chiu, C. Tomasi, S. Farsiu, and J. A. Izatt, “Automated non-rigid registration and mosaicing for robust imaging of distinct retinal capillary beds using speckle variance optical coherence tomography,” Biomed. Opt. Express 4(6), 803–821 (2013).
    [PubMed]
  9. A. F. Frangi, W. J. Niessen, K. L. Vincken, and M. A. Viergever, “Multiscale vessel enhancement filtering,” In International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (pp. 130–137).
  10. K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).
  11. W. Risau, “Mechanisms of angiogenesis,” Nature 386(6626), 671–674 (1997).
    [PubMed]
  12. F. Zana and J.-C. Klein, “Segmentation of vessel-like patterns using mathematical morphology and curvature evaluation,” IEEE Trans. Image Process. 10(7), 1010–1019 (2001).
    [PubMed]
  13. M. Law and A. Chung, “Three dimensional curvilinear structure detection using optimally oriented flux,” in European conference on computer vision2008, 368–382.
  14. J. You, Q. Zhang, K. Park, C. Du, and Y. Pan, “Quantitative imaging of microvascular blood flow networks in deep cortical layers by 1310 nm μODT,” Opt. Lett. 40(18), 4293–4296 (2015).
    [PubMed]
  15. A. Mariampillai, B. A. Standish, E. H. Moriyama, M. Khurana, N. R. Munce, M. K. Leung, J. Jiang, A. Cable, B. C. Wilson, I. A. Vitkin, and V. X. Yang, “Speckle variance detection of microvasculature using swept-source optical coherence tomography,” Opt. Lett. 33(13), 1530–1532 (2008).
    [PubMed]
  16. M. Law and A. Chung, “An oriented flux symmetry based active contour model for three dimensional vessel segmentation,” in European conference on computer vision2010, 720–734.
  17. D. Tschumperlé and R. Deriche, “Vector-valued image regularization with PDEs: A common framework for different applications,” IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 27(4), 506–517 (2005).
    [PubMed]
  18. Q. Yang, C. A. Reisman, Z. Wang, Y. Fukuma, M. Hangai, N. Yoshimura, A. Tomidokoro, M. Araie, A. S. Raza, D. C. Hood, and K. Chan, “Automated layer segmentation of macular OCT images using dual-scale gradient information,” Opt. Express 18(20), 21293–21307 (2010).
    [PubMed]
  19. P. P. Srinivasan, S. J. Heflin, J. A. Izatt, V. Y. Arshavsky, and S. Farsiu, “Automatic segmentation of up to ten layer boundaries in SD-OCT images of the mouse retina with and without missing layers due to pathology,” Biomed. Opt. Express 5(2), 348–365 (2014).
    [PubMed]
  20. M. Zhang, J. Wang, A. D. Pechauer, T. S. Hwang, S. S. Gao, L. Liu, L. Liu, S. T. Bailey, D. J. Wilson, D. Huang, and Y. Jia, “Advanced image processing for optical coherence tomographic angiography of macular diseases,” Biomed. Opt. Express 6(12), 4661–4675 (2015).
    [PubMed]
  21. M. Sonka, V. Hlavac, and R. Boyle, in Image processing, analysis, and machine vision (Cengage Learning, 2014).
  22. K. Zuiderveld, “Contrast limited adaptive histogram equalization,” in Graphics gems IV, (Academic Press Professional, Inc., 1994), 474–485.
  23. T.-C. Lee, R. L. Kashyap, and C.-N. Chu, “Building skeleton models via 3-D medial surface axis thinning algorithms,” CVGIP Graph. Models Image Process. 56(6), 462–478 (1994).
  24. L. R. Dice, “Measures of the amount of ecologic association between species,” Ecology 26, 297–302 (1945).
  25. S. Yousefi, T. Liu, and R. K. Wang, “Segmentation and quantification of blood vessels for OCT-based micro-angiograms using hybrid shape/intensity compounding,” Microvasc. Res. 97, 37–46 (2015).
    [PubMed]
  26. E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
    [PubMed]
  27. H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
    [PubMed]
  28. W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
    [PubMed]
  29. H. Ohtaki, T. Fujimoto, T. Sato, K. Kishimoto, M. Fujimoto, M. Moriya, and S. Shioda, “Progressive expression of vascular endothelial growth factor (VEGF) and angiogenesis after chronic ischemic hypoperfusion in rat,” in Brain Edema XIII (Springer, 2006), pp. 283–287.
  30. P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
    [PubMed]
  31. R. Bates, B. Irving, B. Markelc, J. Kaeppler, R. Muschel, V. Grau, and J. A. Schnabel, “Extracting 3D Vascular Structures from Microscopy Images using Convolutional Recurrent Networks,” arXiv preprint arXiv:1705.09597 (2017).
  32. M. Zhang, T. S. Hwang, J. P. Campbell, S. T. Bailey, D. J. Wilson, D. Huang, and Y. Jia, “Projection-resolved optical coherence tomographic angiography,” Biomed. Opt. Express 7(3), 816–828 (2016).
    [PubMed]
  33. M. Zhao, A. N. Kuo, and J. A. Izatt, “3D refraction correction and extraction of clinical parameters from spectral domain optical coherence tomography of the cornea,” Opt. Express 18(9), 8923–8936 (2010).
    [PubMed]
  34. R. A. Leitgeb, M. Villiger, A. H. Bachmann, L. Steinmann, and T. Lasser, “Extended focus depth for Fourier domain optical coherence microscopy,” Opt. Lett. 31(16), 2450–2452 (2006).
    [PubMed]
  35. A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
    [PubMed]

2017 (1)

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

2016 (4)

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

M. Zhang, T. S. Hwang, J. P. Campbell, S. T. Bailey, D. J. Wilson, D. Huang, and Y. Jia, “Projection-resolved optical coherence tomographic angiography,” Biomed. Opt. Express 7(3), 816–828 (2016).
[PubMed]

2015 (3)

2014 (2)

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

P. P. Srinivasan, S. J. Heflin, J. A. Izatt, V. Y. Arshavsky, and S. Farsiu, “Automatic segmentation of up to ten layer boundaries in SD-OCT images of the mouse retina with and without missing layers due to pathology,” Biomed. Opt. Express 5(2), 348–365 (2014).
[PubMed]

2013 (3)

H. C. Hendargo, R. Estrada, S. J. Chiu, C. Tomasi, S. Farsiu, and J. A. Izatt, “Automated non-rigid registration and mosaicing for robust imaging of distinct retinal capillary beds using speckle variance optical coherence tomography,” Biomed. Opt. Express 4(6), 803–821 (2013).
[PubMed]

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

2012 (2)

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

2011 (1)

A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
[PubMed]

2010 (2)

2009 (1)

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

2008 (2)

2007 (1)

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

2006 (1)

2005 (1)

D. Tschumperlé and R. Deriche, “Vector-valued image regularization with PDEs: A common framework for different applications,” IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 27(4), 506–517 (2005).
[PubMed]

2001 (1)

F. Zana and J.-C. Klein, “Segmentation of vessel-like patterns using mathematical morphology and curvature evaluation,” IEEE Trans. Image Process. 10(7), 1010–1019 (2001).
[PubMed]

1997 (1)

W. Risau, “Mechanisms of angiogenesis,” Nature 386(6626), 671–674 (1997).
[PubMed]

1994 (1)

T.-C. Lee, R. L. Kashyap, and C.-N. Chu, “Building skeleton models via 3-D medial surface axis thinning algorithms,” CVGIP Graph. Models Image Process. 56(6), 462–478 (1994).

1945 (1)

L. R. Dice, “Measures of the amount of ecologic association between species,” Ecology 26, 297–302 (1945).

An, L.

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

Ao, N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Araie, M.

Arshavsky, V. Y.

Ayata, C.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Ayres, M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Bachmann, A. H.

Bailey, S. T.

Bartlett, L. A.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Bensinger, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Bernard, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Blasi, F.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Blinder, P.

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Boe, A. F.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Boguski, M. S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Bouma, B. E.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Brockway, K. S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Byrnes, E. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Cable, A.

Campbell, J. P.

Can, A.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Chan, K.

Chen, C.-L.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Chen, L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Chen, T. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Chen, W.

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

Chin, M. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Chiu, S. J.

Choi, J.

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

Chong, J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Chu, C.-N.

T.-C. Lee, R. L. Kashyap, and C.-N. Chu, “Building skeleton models via 3-D medial surface axis thinning algorithms,” CVGIP Graph. Models Image Process. 56(6), 462–478 (1994).

Chu, Z.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Chung, A.

M. Law and A. Chung, “Three dimensional curvilinear structure detection using optimally oriented flux,” in European conference on computer vision2008, 368–382.

M. Law and A. Chung, “An oriented flux symmetry based active contour model for three dimensional vessel segmentation,” in European conference on computer vision2010, 720–734.

Clare, K.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

Climov, M.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Crook, B. E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Czaplinska, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Daneshmand, A.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Dang, C. N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Datta, S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Dee, N. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Deriche, R.

D. Tschumperlé and R. Deriche, “Vector-valued image regularization with PDEs: A common framework for different applications,” IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 27(4), 506–517 (2005).
[PubMed]

Desaki, A. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Desta, T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Dice, L. R.

L. R. Dice, “Measures of the amount of ecologic association between species,” Ecology 26, 297–302 (1945).

Diep, E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Dolbeare, T. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Donelan, M. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Dong, H. W.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Dougherty, J. G.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Du, C.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

J. You, Q. Zhang, K. Park, C. Du, and Y. Pan, “Quantitative imaging of microvascular blood flow networks in deep cortical layers by 1310 nm μODT,” Opt. Lett. 40(18), 4293–4296 (2015).
[PubMed]

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Duncan, B. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Duvall, C. L.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Dziennis, S.

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

Ebbert, A. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Eichele, G.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Eikermann-Haerter, K.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Estin, L. K.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Estrada, R.

Faber, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Facer, B. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Farsiu, S.

Fields, R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Fischer, S. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Fliss, T. P.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Frangi, A. F.

A. F. Frangi, W. J. Niessen, K. L. Vincken, and M. A. Viergever, “Multiscale vessel enhancement filtering,” In International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (pp. 130–137).

Frensley, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Fukuma, Y.

Fukumura, D.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Gao, C.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Gao, S. S.

Gates, S. N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Glattfelder, K. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Gregori, G.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Gu, X.

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

Halverson, K. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Hamarneh, G.

A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
[PubMed]

Hangai, M.

Hart, M. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Hawrylycz, M. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Heflin, S. J.

Hendargo, H. C.

Hohmann, J. G.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Hood, D. C.

Howell, M. P.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Huang, D.

Hwang, T. S.

Izatt, J. A.

Jain, R. K.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Jeung, D. P.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Jia, Y.

Jiang, J.

Johnson, R. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Jones, A. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Karr, P. T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Kashyap, R. L.

T.-C. Lee, R. L. Kashyap, and C.-N. Chu, “Building skeleton models via 3-D medial surface axis thinning algorithms,” CVGIP Graph. Models Image Process. 56(6), 462–478 (1994).

Kaufhold, J. P.

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Kawal, R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Khurana, M.

Kidney, J. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Klein, J.-C.

F. Zana and J.-C. Klein, “Segmentation of vessel-like patterns using mathematical morphology and curvature evaluation,” IEEE Trans. Image Process. 10(7), 1010–1019 (2001).
[PubMed]

Kleinfeld, D.

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Knapik, R. H.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Knutsen, P. M.

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Kuan, C. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Kuo, A. N.

Lake, J. H.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Lanning, R. M.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Laramee, A. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Larsen, K. D.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Lasser, T.

Lau, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Law, M.

M. Law and A. Chung, “Three dimensional curvilinear structure detection using optimally oriented flux,” in European conference on computer vision2008, 368–382.

M. Law and A. Chung, “An oriented flux symmetry based active contour model for three dimensional vessel segmentation,” in European conference on computer vision2010, 720–734.

Lee, J. H.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Lee, T.-C.

T.-C. Lee, R. L. Kashyap, and C.-N. Chu, “Building skeleton models via 3-D medial surface axis thinning algorithms,” CVGIP Graph. Models Image Process. 56(6), 462–478 (1994).

Lein, E. S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Leitgeb, R. A.

Lemon, T. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Leung, M. K.

Leung, M. K. K.

Liang, A. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Lin, J.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Liu, L.

Liu, T.

S. Yousefi, T. Liu, and R. K. Wang, “Segmentation and quantification of blood vessels for OCT-based micro-angiograms using hybrid shape/intensity compounding,” Microvasc. Res. 97, 37–46 (2015).
[PubMed]

Liu, Y.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Lo, E. H.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Luong, L. T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Madonna, M. C.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Mandeville, E. T.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Mariampillai, A.

McCormack, D. R.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Michaels, J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Morgan, J. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Morgan, R. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Moriyama, E. H.

Mortrud, M. T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Mosqueda, N. F.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Munce, N. R.

Munn, L. L.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Nelson, C. E.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Ng, L. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Ng, R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Niessen, W. J.

A. F. Frangi, W. J. Niessen, K. L. Vincken, and M. A. Viergever, “Multiscale vessel enhancement filtering,” In International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (pp. 130–137).

Orta, G. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Overly, C. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Padera, T. P.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Pak, T. H.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Pan, Y.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

J. You, Q. Zhang, K. Park, C. Du, and Y. Pan, “Quantitative imaging of microvascular blood flow networks in deep cortical layers by 1310 nm μODT,” Opt. Lett. 40(18), 4293–4296 (2015).
[PubMed]

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Park, K.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

J. You, Q. Zhang, K. Park, C. Du, and Y. Pan, “Quantitative imaging of microvascular blood flow networks in deep cortical layers by 1310 nm μODT,” Opt. Lett. 40(18), 4293–4296 (2015).
[PubMed]

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Parry, S. E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Pathak, S. D.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Patil, C. A.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Pearson, O. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Pechauer, A. D.

Poole, K. M.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Puchalski, R. B.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Qin, J.

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

Radhakrishnan, H.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Raza, A. S.

Reif, R.

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

Reisman, C. A.

Ren, H.

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Riley, Z. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Risau, W.

W. Risau, “Mechanisms of angiogenesis,” Nature 386(6626), 671–674 (1997).
[PubMed]

Rockett, H. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Roisman, L.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Rosenfeld, P. J.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Rowland, S. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Royall, J. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Ruiz, M. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Sakadžic, S.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Sarno, N. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Sarunic, M. V.

A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
[PubMed]

Schaffnit, K.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Shapovalova, N. V.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Sivisay, T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Skala, M. C.

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Slaughterbeck, C. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Smith, B. I.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Smith, B. R.

A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
[PubMed]

Smith, K. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Smith, S. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Sodt, A. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Srinivasan, P. P.

Srinivasan, V. J.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Standish, B. A.

Steinmann, L.

Stewart, N. N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Stumpf, K. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Stylianopoulos, T.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Suhl, H.

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Sunkin, S. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Sutram, M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Tam, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Tearney, G. J.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Teemer, C. D.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Thaller, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Thompson, C. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Tomasi, C.

Tomidokoro, A.

Tsai, P. S.

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Tschumperlé, D.

D. Tschumperlé and R. Deriche, “Vector-valued image regularization with PDEs: A common framework for different applications,” IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 27(4), 506–517 (2005).
[PubMed]

Tyrrell, J. A.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Vakoc, B. J.

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Varnam, L. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Viergever, M. A.

A. F. Frangi, W. J. Niessen, K. L. Vincken, and M. A. Viergever, “Multiscale vessel enhancement filtering,” In International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (pp. 130–137).

Villiger, M.

Vincken, K. L.

A. F. Frangi, W. J. Niessen, K. L. Vincken, and M. A. Viergever, “Multiscale vessel enhancement filtering,” In International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (pp. 130–137).

Visel, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Vitkin, I. A.

Volkow, N. D.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Wang, J.

Wang, R.

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

Wang, R. K.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

S. Yousefi, T. Liu, and R. K. Wang, “Segmentation and quantification of blood vessels for OCT-based micro-angiograms using hybrid shape/intensity compounding,” Microvasc. Res. 97, 37–46 (2015).
[PubMed]

Wang, W.

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

Wang, Z.

Whitlock, R. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Wilson, B. C.

Wilson, D. J.

Wohnoutka, P. E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Wolkey, C. K.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Wong, V. Y.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Wood, M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Xin, C.

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Yang, Q.

Yang, V. X.

Yang, V. X. D.

Yaylaoglu, M. B.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Yazdanpanah, A.

A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
[PubMed]

Yin, W.

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

Yoshimura, N.

You, J.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

J. You, Q. Zhang, K. Park, C. Du, and Y. Pan, “Quantitative imaging of microvascular blood flow networks in deep cortical layers by 1310 nm μODT,” Opt. Lett. 40(18), 4293–4296 (2015).
[PubMed]

Young, R. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Youngstrom, B. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Yousefi, S.

S. Yousefi, T. Liu, and R. K. Wang, “Segmentation and quantification of blood vessels for OCT-based micro-angiograms using hybrid shape/intensity compounding,” Microvasc. Res. 97, 37–46 (2015).
[PubMed]

Yu, E.

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Yuan, X. F.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Yuan, Z.

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Zana, F.

F. Zana and J.-C. Klein, “Segmentation of vessel-like patterns using mathematical morphology and curvature evaluation,” IEEE Trans. Image Process. 10(7), 1010–1019 (2001).
[PubMed]

Zhang, B.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Zhang, M.

Zhang, Q.

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

J. You, Q. Zhang, K. Park, C. Du, and Y. Pan, “Quantitative imaging of microvascular blood flow networks in deep cortical layers by 1310 nm μODT,” Opt. Lett. 40(18), 4293–4296 (2015).
[PubMed]

Zhao, M.

Zhi, Z.

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

Zwingman, T. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Biomed. Opt. Express (4)

CVGIP Graph. Models Image Process. (1)

T.-C. Lee, R. L. Kashyap, and C.-N. Chu, “Building skeleton models via 3-D medial surface axis thinning algorithms,” CVGIP Graph. Models Image Process. 56(6), 462–478 (1994).

Ecology (1)

L. R. Dice, “Measures of the amount of ecologic association between species,” Ecology 26, 297–302 (1945).

IEEE Trans. Image Process. (1)

F. Zana and J.-C. Klein, “Segmentation of vessel-like patterns using mathematical morphology and curvature evaluation,” IEEE Trans. Image Process. 10(7), 1010–1019 (2001).
[PubMed]

IEEE Trans. Med. Imaging (1)

A. Yazdanpanah, G. Hamarneh, B. R. Smith, and M. V. Sarunic, “Segmentation of intra-retinal layers from optical coherence tomography images using an active contour approach,” IEEE Trans. Med. Imaging 30(2), 484–496 (2011).
[PubMed]

IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. (1)

D. Tschumperlé and R. Deriche, “Vector-valued image regularization with PDEs: A common framework for different applications,” IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 27(4), 506–517 (2005).
[PubMed]

Int. J. Biomed. Imaging (1)

R. Reif, J. Qin, L. An, Z. Zhi, S. Dziennis, and R. Wang, “Quantifying optical microangiography images obtained from a spectral domain optical coherence tomography system,” Int. J. Biomed. Imaging 2012, 509783 (2012).
[PubMed]

J. Biomed. Opt. (2)

Q. Zhang, J. You, N. D. Volkow, J. Choi, W. Yin, W. Wang, Y. Pan, and C. Du, “Chronic cocaine disrupts neurovascular networks and cerebral function: optical imaging studies in rodents,” J. Biomed. Opt. 21(2), 026006 (2016).
[PubMed]

Z. Chu, J. Lin, C. Gao, C. Xin, Q. Zhang, C.-L. Chen, L. Roisman, G. Gregori, P. J. Rosenfeld, and R. K. Wang, “Quantitative assessment of the retinal microvasculature using optical coherence tomography angiography,” J. Biomed. Opt. 21(6), 066008 (2016).
[PubMed]

JCI Insight (1)

J. You, N. D. Volkow, K. Park, Q. Zhang, K. Clare, C. Du, and Y. Pan, “Cerebrovascular adaptations to cocaine-induced transient ischemic attacks in the rodent brain,” JCI Insight 2(5), e90809 (2017).

Microvasc. Res. (1)

S. Yousefi, T. Liu, and R. K. Wang, “Segmentation and quantification of blood vessels for OCT-based micro-angiograms using hybrid shape/intensity compounding,” Microvasc. Res. 97, 37–46 (2015).
[PubMed]

Mol. Psychiatry (1)

H. Ren, C. Du, Z. Yuan, K. Park, N. D. Volkow, and Y. Pan, “Cocaine-induced cortical microischemia in the rodent brain: clinical implications,” Mol. Psychiatry 17(10), 1017–1025 (2012).
[PubMed]

Nat. Med. (1)

B. J. Vakoc, R. M. Lanning, J. A. Tyrrell, T. P. Padera, L. A. Bartlett, T. Stylianopoulos, L. L. Munn, G. J. Tearney, D. Fukumura, R. K. Jain, and B. E. Bouma, “Three-dimensional microscopy of the tumor microenvironment in vivo using optical frequency domain imaging,” Nat. Med. 15(10), 1219–1223 (2009).
[PubMed]

Nat. Neurosci. (1)

P. Blinder, P. S. Tsai, J. P. Kaufhold, P. M. Knutsen, H. Suhl, and D. Kleinfeld, “The cortical angiome: an interconnected vascular network with noncolumnar patterns of blood flow,” Nat. Neurosci. 16(7), 889–897 (2013).
[PubMed]

Nature (2)

W. Risau, “Mechanisms of angiogenesis,” Nature 386(6626), 671–674 (1997).
[PubMed]

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[PubMed]

Opt. Express (2)

Opt. Lett. (4)

PLoS One (1)

V. J. Srinivasan, E. T. Mandeville, A. Can, F. Blasi, M. Climov, A. Daneshmand, J. H. Lee, E. Yu, H. Radhakrishnan, E. H. Lo, S. Sakadžić, K. Eikermann-Haerter, and C. Ayata, “Multiparametric, longitudinal optical coherence tomography imaging reveals acute injury and chronic recovery in experimental ischemic stroke,” PLoS One 8(8), e71478 (2013).
[PubMed]

Proc. SPIE (1)

K. M. Poole, C. A. Patil, C. E. Nelson, D. R. McCormack, M. C. Madonna, C. L. Duvall, and M. C. Skala, “Longitudinal study of arteriogenesis with swept source optical coherence tomography and hyperspectral imaging,” Proc. SPIE 8934, 89341Z (2014).

Sci. Rep. (1)

W. Chen, J. You, X. Gu, C. Du, and Y. Pan, “High-speed swept source optical coherence Doppler tomography for deep brain microvascular imaging,” Sci. Rep. 6, 38786 (2016).
[PubMed]

Other (7)

H. Ohtaki, T. Fujimoto, T. Sato, K. Kishimoto, M. Fujimoto, M. Moriya, and S. Shioda, “Progressive expression of vascular endothelial growth factor (VEGF) and angiogenesis after chronic ischemic hypoperfusion in rat,” in Brain Edema XIII (Springer, 2006), pp. 283–287.

R. Bates, B. Irving, B. Markelc, J. Kaeppler, R. Muschel, V. Grau, and J. A. Schnabel, “Extracting 3D Vascular Structures from Microscopy Images using Convolutional Recurrent Networks,” arXiv preprint arXiv:1705.09597 (2017).

M. Law and A. Chung, “An oriented flux symmetry based active contour model for three dimensional vessel segmentation,” in European conference on computer vision2010, 720–734.

A. F. Frangi, W. J. Niessen, K. L. Vincken, and M. A. Viergever, “Multiscale vessel enhancement filtering,” In International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (pp. 130–137).

M. Law and A. Chung, “Three dimensional curvilinear structure detection using optimally oriented flux,” in European conference on computer vision2008, 368–382.

M. Sonka, V. Hlavac, and R. Boyle, in Image processing, analysis, and machine vision (Cengage Learning, 2014).

K. Zuiderveld, “Contrast limited adaptive histogram equalization,” in Graphics gems IV, (Academic Press Professional, Inc., 1994), 474–485.

Cited By

OSA participates in Crossref's Cited-By Linking service. Citing articles from OSA journals and other participating publishers are listed here.

Alert me when this article is cited.


Figures (8)

Fig. 1
Fig. 1

Overview of the proposed angiogenesis tracking algorithm.

Fig. 2
Fig. 2

A schematic diagram of the proposed method. a) original OCTA image; b) anisotropic diffusion filtering was applied to enhance boundaries of large vessels; c) large vessel mask was generated by thresholding filtered image b); d) micro vessels enhanced by top-hat enhancement method; e) vesselness map for microvasculature was obtained by applying OOF on top-hat enhanced image d); f) global thresholding and morphological filtering were performed on the vesselness map to generate a microvascular mask; g) the final segmented vascular image by merging c) and f).

Fig. 3
Fig. 3

a) Original OCT cross sectional intensity image of mouse frontal cortex. Strong reflection from cover glass is highlighted in the yellow dash line. b-c) Response of step edge detector(first order derivative of Gaussian) and ridge detector(second order derivative of Gaussian) to OCT image in a) respectively. d) Binary mask of cover glass noise. e-f) Boundary detection before and after artifact removal.

Fig. 4
Fig. 4

Illustration of OCTA image enhancement. a) original en face OCTA image. b) enhanced OCTA image using contrast limited adaptive histogram equalization and segmented vessel mask. a’)-b’) are zoom-in images corresponding to red box in a)-b).

Fig. 5
Fig. 5

Segmentation results and corresponding skeletons. a) original OCTA image projected from a subvolume data (100µm). b) manual segmentation. c) Hessian method. d) OOF method with top-hat enhancement. a’)-b’) are zoom in images corresponding to red boxes. c’)-d’) are zoom in images overlaid on manual segmentation mask in which blue area indicate false negative and orange area indicate false positive.

Fig. 6
Fig. 6

a) DSC of segmentation by Hessian (green) and OOF (orange) methods. b) OOF effectively reduces the error of the calculated vascular density compared with Hessian method.

Fig. 7
Fig. 7

Implementation of automatic brain segmentation. a)-b) Boundary was detected on OCT cross-sectional intensity image and then applied on OCTA image. c) Original 3D volume of OCTA images. Arrows are used to highlight noise before applying brain boundary detection. d) 3D volume of OCTA is segmented into four layers. e) MIP images at two time points from maunal segmentation with commercial software and the proposed boundary detection method.

Fig. 8
Fig. 8

a) Enhanced OCTA images illustrate vascular density increase over 3-week cocaine treatment. Newly grown microvasculature are indicated by red rows on zoom-in images. b) Vascular density maps on 4 different layers over 3 weeks. The vertical direction of this vascular density array presents layer index and horizontal direction presents treatment time. c) Statistic change of full volume vascular density. d) Time courses of vascular density change on different layers.

Equations (13)

Equations on this page are rendered with MathJax. Learn more.

f(x,ρ;r)= 1 2πr S r ((GI)(x+h) ρ ^ ) ρ ^ n ^ dA
f(x,ρ;r)= ρ ^ T Q r,x ρ ^
Q r,x =[ q r,x 1,1 q r,x 1,2 q r,x 2,1 q r,x 2,2 ]
f OFA (x,ρ;r)= 1 2πr S r ((GI)(x+h) ρ ^ )dA
Q(x, v 1 ;r)=| 1 2πr S r ( v 1 T (GI)(x+h) )dA|
v(x)= max rR ( λ 1 )Q(x, v 1 ;r)
T=Fr*mean(Lr(Lr>0))*t
S= S v 2 +wS h 2
C=1( Smin(S) max(S)min(S) )
t(i,j)= min m=j3j+3 (t(i1,m))+C(i,j)
FF= Total skeleton pixel # Total pixel # of window
DSC= 2TP 2TP+FP+FN
DensityError= | VDGT | GT