Abstract

Optimizing light delivery for optogenetics is critical in order to accurately stimulate the neurons of interest while reducing nonspecific effects such as tissue heating or photodamage. Light distribution is typically predicted using the assumption of tissue homogeneity, which oversimplifies light transport in heterogeneous brain. Here, we present an open-source 3D simulation platform, OptogenSIM, which eliminates this assumption. This platform integrates a voxel-based 3D Monte Carlo model, generic optical property models of brain tissues, and a well-defined 3D mouse brain tissue atlas. The application of this platform in brain data models demonstrates that brain heterogeneity has moderate to significant impact depending on application conditions. Estimated light density contours can show the region of any specified power density in the 3D brain space and thus can help optimize the light delivery settings, such as the optical fiber position, fiber diameter, fiber numerical aperture, light wavelength and power. OptogenSIM is freely available and can be easily adapted to incorporate additional brain atlases.

© 2015 Optical Society of America

Full Article  |  PDF Article
OSA Recommended Articles
Modal demultiplexing properties of tapered and nanostructured optical fibers for in vivo optogenetic control of neural activity

Marco Pisanello, Andrea Della Patria, Leonardo Sileo, Bernardo L. Sabatini, Massimo De Vittorio, and Ferruccio Pisanello
Biomed. Opt. Express 6(10) 4014-4026 (2015)

Characterization of fiber-optic light delivery and light-induced temperature changes in a rodent brain for precise optogenetic neuromodulation

Younghoon Shin, Minsu Yoo, Hyung-Sun Kim, Sung-Ki Nam, Hyoung-Ihl Kim, Sun-Kyu Lee, Sohee Kim, and Hyuk-Sang Kwon
Biomed. Opt. Express 7(11) 4450-4471 (2016)

Assessment of the frequency-domain multi-distance method to evaluate the brain optical properties: Monte Carlo simulations from neonate to adult

Mathieu Dehaes, P. Ellen Grant, Danielle D. Sliva, Nadège Roche-Labarbe, Rudolph Pienaar, David A. Boas, Maria Angela Franceschini, and Juliette Selb
Biomed. Opt. Express 2(3) 552-567 (2011)

References

  • View by:
  • |
  • |
  • |

  1. E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
    [Crossref] [PubMed]
  2. A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
    [Crossref] [PubMed]
  3. K. Deisseroth, “Optogenetics,” Nat. Methods 8(1), 26–29 (2011).
    [Crossref] [PubMed]
  4. O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
    [Crossref] [PubMed]
  5. R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).
  6. K. M. Tye and K. Deisseroth, “Optogenetic investigation of neural circuits underlying brain disease in animal models,” Nat. Rev. Neurosci. 13(4), 251–266 (2012).
    [Crossref] [PubMed]
  7. K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
    [Crossref] [PubMed]
  8. V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
    [Crossref] [PubMed]
  9. J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
    [Crossref] [PubMed]
  10. H. Tejeda, T. Li, and S. Mohanty, “Comparison between Bessel and Gaussian beam propagation for in-depth optogenetic stimulation,” in SPIE BiOS (2013), p. 85860G–85860G.
  11. S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
    [Crossref] [PubMed]
  12. W. F. Cheong, S. A. Prahl, and A. J. Welch, “A review of the optical properties of biological tissues,” IEEE J. Quantum Electron. 26(12), 2166–2185 (1990).
    [Crossref]
  13. F. Bevilacqua, D. Piguet, P. Marquet, J. D. Gross, B. J. Tromberg, and C. Depeursinge, “In Vivo Local Determination of Tissue Optical Properties: Applications to Human Brain,” Appl. Opt. 38(22), 4939–4950 (1999).
    [Crossref] [PubMed]
  14. A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
    [Crossref] [PubMed]
  15. L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
    [Crossref] [PubMed]
  16. J. D. Johansson, “Spectroscopic method for determination of the absorption coefficient in brain tissue,” J. Biomed. Opt. 15(5), 057005 (2010).
    [Crossref] [PubMed]
  17. S. L. Jacques, “Optical properties of biological tissues: a review,” Phys. Med. Biol. 58(11), R37–R61 (2013).
    [Crossref] [PubMed]
  18. L. Gu, K. Dhakal, T. Li, and S. Mohanty, “Shining new light on optogenetics,” in SPIE BiOS (2012), pp. 820764–820764.
  19. K. Dhakal, L. Gu, B. Black, and S. K. Mohanty, “Fiber-optic two-photon optogenetic stimulation,” Opt. Lett. 38(11), 1927–1929 (2013).
    [Crossref] [PubMed]
  20. G. Paxinos, The Mouse Brain in Stereotaxic Coordinates (Academic press, 2004).
  21. K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
    [Crossref] [PubMed]
  22. P. Van der Zee, “Measurement and modelling of the optical properties of human tissue in the near infrared,” University of London (1992).
  23. P. van der Zee, M. Essenpreis, and D. T. Delpy, “Optical properties of brain tissue,” in OE/LASE’93: Optics, Electro-Optics, & Laser Applications in Science& Engineering (International Society for Optics and Photonics, 1993), pp. 454–465.
  24. A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
    [Crossref] [PubMed]
  25. S. C. Gebhart, W. C. Lin, and A. Mahadevan-Jansen, “In vitro determination of normal and neoplastic human brain tissue optical properties using inverse adding-doubling,” Phys. Med. Biol. 51(8), 2011–2027 (2006).
    [Crossref] [PubMed]
  26. E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
    [Crossref] [PubMed]
  27. A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
    [Crossref] [PubMed]
  28. Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
    [Crossref] [PubMed]
  29. Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
    [Crossref] [PubMed]
  30. A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
    [Crossref] [PubMed]
  31. D. Boas, J. Culver, J. Stott, and A. Dunn, “Three dimensional Monte Carlo code for photon migration through complex heterogeneous media including the adult human head,” Opt. Express 10(3), 159–170 (2002).
    [Crossref] [PubMed]
  32. Q. Fang, “Mesh-based Monte Carlo method using fast ray-tracing in Plücker coordinates,” Biomed. Opt. Express 1(1), 165–175 (2010).
    [Crossref] [PubMed]
  33. H. Shen and G. Wang, “A tetrahedron-based inhomogeneous Monte Carlo optical simulator,” Phys. Med. Biol. 55(4), 947–962 (2010).
    [Crossref] [PubMed]
  34. L. Wang, S. L. Jacques, and L. Zheng, “MCML--Monte Carlo modeling of light transport in multi-layered tissues,” Comput. Methods Programs Biomed. 47(2), 131–146 (1995).
    [Crossref] [PubMed]
  35. M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
    [Crossref] [PubMed]
  36. M. Azimipour, F. Atry, and R. Pashaie, “Effect of blood vessels on light distribution in optogenetic stimulation of cortex,” Opt. Lett. 40(10), 2173–2176 (2015).
    [Crossref] [PubMed]
  37. S. Sawiak, “SPM Mouse,” http://www.spmmouse.org/ .
  38. S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
    [Crossref] [PubMed]
  39. S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).
  40. J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
    [Crossref] [PubMed]
  41. W. Gottschalk, “Ein Messverfahren zur Bestimmung der Optischen Parameter biologischer Gewebe in vitro Dissertation 93 HA8984 Universitaet Fridriciana,” Karlsruhe (1992).
  42. S. L. Jacques, “Light distributions from point, line and plane sources for photochemical reactions and fluorescence in turbid biological tissues,” Photochem. Photobiol. 67(1), 23–32 (1998).
    [Crossref] [PubMed]
  43. P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
    [PubMed]
  44. M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
    [Crossref] [PubMed]
  45. K. O. Lim and A. Pfefferbaum, “Segmentation of MR brain images into cerebrospinal fluid spaces, white and gray matter,” J. Comput. Assist. Tomogr. 13(4), 588–593 (1989).
    [Crossref] [PubMed]
  46. H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).
  47. S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
    [Crossref] [PubMed]
  48. “SPM software - Statistical Parametric Mapping,” http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/ .
  49. N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
    [Crossref] [PubMed]
  50. S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
    [Crossref] [PubMed]
  51. T. V. F. Abaya, S. Blair, P. Tathireddy, L. Rieth, and F. Solzbacher, “A 3D glass optrode array for optical neural stimulation,” Biomed. Opt. Express 3(12), 3087–3104 (2012).
    [Crossref] [PubMed]
  52. A. Kienle, “Anisotropic light diffusion: an oxymoron?” Phys. Rev. Lett. 98(21), 218104 (2007).
    [Crossref] [PubMed]

2015 (1)

2014 (2)

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

2013 (4)

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

S. L. Jacques, “Optical properties of biological tissues: a review,” Phys. Med. Biol. 58(11), R37–R61 (2013).
[Crossref] [PubMed]

K. Dhakal, L. Gu, B. Black, and S. K. Mohanty, “Fiber-optic two-photon optogenetic stimulation,” Opt. Lett. 38(11), 1927–1929 (2013).
[Crossref] [PubMed]

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

2012 (4)

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

K. M. Tye and K. Deisseroth, “Optogenetic investigation of neural circuits underlying brain disease in animal models,” Nat. Rev. Neurosci. 13(4), 251–266 (2012).
[Crossref] [PubMed]

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

T. V. F. Abaya, S. Blair, P. Tathireddy, L. Rieth, and F. Solzbacher, “A 3D glass optrode array for optical neural stimulation,” Biomed. Opt. Express 3(12), 3087–3104 (2012).
[Crossref] [PubMed]

2011 (4)

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

K. Deisseroth, “Optogenetics,” Nat. Methods 8(1), 26–29 (2011).
[Crossref] [PubMed]

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

2010 (5)

Q. Fang, “Mesh-based Monte Carlo method using fast ray-tracing in Plücker coordinates,” Biomed. Opt. Express 1(1), 165–175 (2010).
[Crossref] [PubMed]

H. Shen and G. Wang, “A tetrahedron-based inhomogeneous Monte Carlo optical simulator,” Phys. Med. Biol. 55(4), 947–962 (2010).
[Crossref] [PubMed]

J. D. Johansson, “Spectroscopic method for determination of the absorption coefficient in brain tissue,” J. Biomed. Opt. 15(5), 057005 (2010).
[Crossref] [PubMed]

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

2009 (2)

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

2008 (4)

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

2007 (3)

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

A. Kienle, “Anisotropic light diffusion: an oxymoron?” Phys. Rev. Lett. 98(21), 218104 (2007).
[Crossref] [PubMed]

2006 (2)

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

S. C. Gebhart, W. C. Lin, and A. Mahadevan-Jansen, “In vitro determination of normal and neoplastic human brain tissue optical properties using inverse adding-doubling,” Phys. Med. Biol. 51(8), 2011–2027 (2006).
[Crossref] [PubMed]

2005 (2)

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

2002 (2)

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

D. Boas, J. Culver, J. Stott, and A. Dunn, “Three dimensional Monte Carlo code for photon migration through complex heterogeneous media including the adult human head,” Opt. Express 10(3), 159–170 (2002).
[Crossref] [PubMed]

2001 (1)

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

1999 (1)

1998 (1)

S. L. Jacques, “Light distributions from point, line and plane sources for photochemical reactions and fluorescence in turbid biological tissues,” Photochem. Photobiol. 67(1), 23–32 (1998).
[Crossref] [PubMed]

1996 (1)

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

1995 (1)

L. Wang, S. L. Jacques, and L. Zheng, “MCML--Monte Carlo modeling of light transport in multi-layered tissues,” Comput. Methods Programs Biomed. 47(2), 131–146 (1995).
[Crossref] [PubMed]

1994 (1)

M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
[Crossref] [PubMed]

1990 (1)

W. F. Cheong, S. A. Prahl, and A. J. Welch, “A review of the optical properties of biological tissues,” IEEE J. Quantum Electron. 26(12), 2166–2185 (1990).
[Crossref]

1989 (2)

S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).

K. O. Lim and A. Pfefferbaum, “Segmentation of MR brain images into cerebrospinal fluid spaces, white and gray matter,” J. Comput. Assist. Tomogr. 13(4), 588–593 (1989).
[Crossref] [PubMed]

Abaya, T. V. F.

Adhikari, A.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Al-Juboori, S. I.

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Andalman, A. S.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Anikeeva, P.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Ao, N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Aravanis, A. M.

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Arganda-Carreras, I.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Atry, F.

Aubert-Vásquez, E.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Ayres, M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Azimipour, M.

M. Azimipour, F. Atry, and R. Pashaie, “Effect of blood vessels on light distribution in optogenetic stimulation of cortex,” Opt. Lett. 40(10), 2173–2176 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

Baaré, W. F.

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

Bamberg, E.

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Barbic, M.

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Barilli, M.

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

Baumgartner, R.

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

Bennett, R.

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Bensinger, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Benveniste, H.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Berlinguer Palmini, R.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Bernard, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Bernstein, J. G.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Bevilacqua, F.

Black, B.

Blackband, S. J.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Blair, S.

Bloch, K. D.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Boas, D.

Boe, A. F.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Boguski, M. S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Bohan, T. P.

M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
[Crossref] [PubMed]

Boyden, E. S.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Brandt, M. E.

M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
[Crossref] [PubMed]

Brockway, K. S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Brouckaert, P.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Burrone, J.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Buys, E. S.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Buzsáki, G.

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Byrnes, E. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Cardona, A.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Carpenter, T. A.

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Chander, D.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Chen, L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Chen, T. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Cheong, W. F.

W. F. Cheong, S. A. Prahl, and A. J. Welch, “A review of the optical properties of biological tissues,” IEEE J. Quantum Electron. 26(12), 2166–2185 (1990).
[Crossref]

Chin, M. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Chong, J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Crook, B. E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Culver, J.

Czaplinska, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dai, L.

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Dang, C. N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Datta, S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Davidson, T. J.

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Dawson, M. D.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Dee, N. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Degenaar, P.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Deisseroth, K.

K. M. Tye and K. Deisseroth, “Optogenetic investigation of neural circuits underlying brain disease in animal models,” Nat. Rev. Neurosci. 13(4), 251–266 (2012).
[Crossref] [PubMed]

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

K. Deisseroth, “Optogenetics,” Nat. Methods 8(1), 26–29 (2011).
[Crossref] [PubMed]

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Depeursinge, C.

Desaki, A. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Desimone, R.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Desta, T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dhakal, K.

Diep, E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dolbeare, T. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dondzillo, A.

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Donelan, M. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dong, H. W.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dorr, A. E.

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Dougherty, J. G.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Drakakis, E. M.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Duncan, B. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Dunn, A.

Ebbert, A. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Eichele, G.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Eliceiri, K.

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Estin, L. K.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Faber, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Facer, B. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Fang, Q.

Felsen, G.

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Feng, G.

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Fenno, L. E.

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Ferenczi, E. A.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Ferrari, M.

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

Fields, R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Finkelstein, J.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Fischer, S. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Fletcher, J. M.

M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
[Crossref] [PubMed]

Fliss, T. P.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Foerster, B.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Franzesi, G. T.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Frensley, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Frise, E.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Gates, S. N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Gebhart, S. C.

S. C. Gebhart, W. C. Lin, and A. Mahadevan-Jansen, “In vitro determination of normal and neoplastic human brain tissue optical properties using inverse adding-doubling,” Phys. Med. Biol. 51(8), 2011–2027 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Glattfelder, K. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Gong, Z.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Gradinaru, V.

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Grant, S. C.

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Gross, J. D.

Grossman, N.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Grubb, M. S.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Gu, L.

Gunaydin, L. A.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Haga, R.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Halverson, K. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Hamilton, S.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Han, X.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Hart, M. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Hartenstein, V.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Hawrylycz, M. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Henderson, J. M.

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Henkelman, R. M.

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Henninger, M. A.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Hof, P. R.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Hohmann, J. G.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Howell, M. P.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Ichinose, F.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Iturria-Medina, Y.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Jacques, S. L.

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

S. L. Jacques, “Optical properties of biological tissues: a review,” Phys. Med. Biol. 58(11), R37–R61 (2013).
[Crossref] [PubMed]

S. L. Jacques, “Light distributions from point, line and plane sources for photochemical reactions and fluorescence in turbid biological tissues,” Photochem. Photobiol. 67(1), 23–32 (1998).
[Crossref] [PubMed]

L. Wang, S. L. Jacques, and L. Zheng, “MCML--Monte Carlo modeling of light transport in multi-layered tissues,” Comput. Methods Programs Biomed. 47(2), 131–146 (1995).
[Crossref] [PubMed]

S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).

Jeung, D. P.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Johansson, J. D.

J. D. Johansson, “Spectroscopic method for determination of the absorption coefficient in brain tissue,” J. Biomed. Opt. 15(5), 057005 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Johns, J.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Johnson, R. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Jones, A. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Kabani, N.

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Kahn, R. S.

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

Karr, P. T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Kawal, R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Kawashima, R.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Kaynig, V.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Keijzer, M.

S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).

Kennedy, G. T.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Kida, K.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Kidney, J. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Kienle, A.

A. Kienle, “Anisotropic light diffusion: an oxymoron?” Phys. Rev. Lett. 98(21), 218104 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Kim, S.-Y.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Klug, A.

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Knapik, R. H.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Ko, E. Y.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Kosugi, S.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Kramer, L. A.

M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
[Crossref] [PubMed]

Kuan, C. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Lake, J. H.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Laramee, A. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Larsen, K. D.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Lau, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Lauder, J.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Lee, J. H.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Lei, T. C.

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Lein, E. S.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Lemon, T. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Lerch, J. P.

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Li, K.

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Liang, A. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Lim, K. O.

K. O. Lim and A. Pfefferbaum, “Segmentation of MR brain images into cerebrospinal fluid spaces, white and gray matter,” J. Comput. Assist. Tomogr. 13(4), 588–593 (1989).
[Crossref] [PubMed]

Lin, W. C.

S. C. Gebhart, W. C. Lin, and A. Mahadevan-Jansen, “In vitro determination of normal and neoplastic human brain tissue optical properties using inverse adding-doubling,” Phys. Med. Biol. 51(8), 2011–2027 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Liu, C. H.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Liu, P. K.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Liu, Y.

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Longair, M.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Losonczy, A.

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Luong, L. T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Ma, Y.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Magee, J. C.

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Mahadevan-Jansen, A.

S. C. Gebhart, W. C. Lin, and A. Mahadevan-Jansen, “In vitro determination of normal and neoplastic human brain tissue optical properties using inverse adding-doubling,” Phys. Med. Biol. 51(8), 2011–2027 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Majewska, A. K.

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Makam, P.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Mandeville, J. B.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Marquet, P.

Martelli, F.

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

McConnell, J. P.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

McGovern, B.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

McGuigan, M. D.

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

McMurray, M.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Meltzer, L. A.

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Michaels, J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Miesenböck, G.

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Minamishima, S.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Mirzabekov, J. J.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Mogri, M.

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Mogri, M. Z.

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Mohanty, S. K.

Morgan, J. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Morgan, R. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Morton, A. J.

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Mortrud, M. T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Mosqueda, N. F.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Nagel, G.

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Neil, M. A.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Ng, L. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Ng, R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Nikolic, K.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Nonaka, H.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Ogawa, T.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Oguz, I.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Orta, G. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Overly, C. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Pak, T. H.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Parry, S. E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Pashaie, R.

M. Azimipour, F. Atry, and R. Pashaie, “Effect of blood vessels on light distribution in optogenetic stimulation of cortex,” Opt. Lett. 40(10), 2173–2176 (2015).
[Crossref] [PubMed]

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Pathak, S. D.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Pearson, O. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Pfefferbaum, A.

K. O. Lim and A. Pfefferbaum, “Segmentation of MR brain images into cerebrospinal fluid spaces, white and gray matter,” J. Comput. Assist. Tomogr. 13(4), 588–593 (1989).
[Crossref] [PubMed]

Pietzsch, T.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Piguet, D.

Poher, V.

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Pol, H. E. H.

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

Prahl, S. A.

W. F. Cheong, S. A. Prahl, and A. J. Welch, “A review of the optical properties of biological tissues,” IEEE J. Quantum Electron. 26(12), 2166–2185 (1990).
[Crossref]

S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).

Prakash, R.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Preibisch, S.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Prigge, M.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Puchalski, R. B.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Qian, X.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Qian, Z.

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Radcliffe, M.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Richner, T. J.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Riera, J. J.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Rieth, L.

Riley, Z. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Rockett, H. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Rowland, S. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Royall, J. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Royer, S.

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Rueden, C.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Ruiz, M. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Rumple, A.

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Saalfeld, S.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Sarno, N. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Sawiak, S. J.

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Schaffnit, K.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Schindelin, J.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Schmid, B.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Schnack, H. G.

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

Schneider, M. B.

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Schnitzer, M. J.

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Schober, R.

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

Schulze, P. C.

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

Schwarzmaier, H.-J.

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

Shapovalova, N. V.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Shen, H.

H. Shen and G. Wang, “A tetrahedron-based inhomogeneous Monte Carlo optical simulator,” Phys. Med. Biol. 55(4), 947–962 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Sips, P. Y.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Sivisay, T.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Slatest, L.

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Slaughterbeck, C. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Smith, B. I.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Smith, D.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Smith, K. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Smith, S. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Sodt, A. J.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Solzbacher, F.

Spring, S.

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Staal, W. G.

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

Stern, P.

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Stewart, N. N.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Stott, J.

Stubblefield, E. A.

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Stumpf, K. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Sumiyoshi, A.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Sunkin, S. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Sutram, M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Taddeucci, A.

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

Tam, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Tathireddy, P.

Teemer, C. D.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Thaller, C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Thompson, C. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Thompson, K. R.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Tinevez, J. Y.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Ting, A.

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Tokuda, K.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Tomancak, P.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Tromberg, B. J.

Tsai, H.-C.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Tye, K. M.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

K. M. Tye and K. Deisseroth, “Optogenetic investigation of neural circuits underlying brain disease in animal models,” Nat. Rev. Neurosci. 13(4), 251–266 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Ulrich, F.

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

Valdés-Hernández, P. A.

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

Varnam, L. R.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Viergever, M. A.

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

Visel, A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Wang, G.

H. Shen and G. Wang, “A tetrahedron-based inhomogeneous Monte Carlo optical simulator,” Phys. Med. Biol. 55(4), 947–962 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Wang, H.

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Wang, L.

L. Wang, S. L. Jacques, and L. Zheng, “MCML--Monte Carlo modeling of light transport in multi-layered tissues,” Comput. Methods Programs Biomed. 47(2), 131–146 (1995).
[Crossref] [PubMed]

Wang, L. P.

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Warden, M. R.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Welch, A. J.

W. F. Cheong, S. A. Prahl, and A. J. Welch, “A review of the optical properties of biological tissues,” IEEE J. Quantum Electron. 26(12), 2166–2185 (1990).
[Crossref]

S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).

White, D. J.

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Whitlock, R. M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Williams, G. B.

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Williams, J.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

Witten, I. B.

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Wohnoutka, P. E.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Wolkey, C. K.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Wong, V. Y.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Wood, M.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Wood, N. I.

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Yang, T.

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Yaroslavsky, A. N.

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

Yaroslavsky, I. V.

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

Yaylaoglu, M. B.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Yizhar, O.

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Young, R. C.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Youngstrom, B. L.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Yu, M.

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Yuan, X. F.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Zaccanti, G.

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

Zemelman, B. V.

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Zhang, B.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Zhang, F.

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Zheng, L.

L. Wang, S. L. Jacques, and L. Zheng, “MCML--Monte Carlo modeling of light transport in multi-layered tissues,” Comput. Methods Programs Biomed. 47(2), 131–146 (1995).
[Crossref] [PubMed]

Zwingman, T. A.

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Appl. Opt. (1)

Biomed. Opt. Express (2)

Circulation (1)

S. Minamishima, K. Kida, K. Tokuda, H. Wang, P. Y. Sips, S. Kosugi, J. B. Mandeville, E. S. Buys, P. Brouckaert, P. K. Liu, C. H. Liu, K. D. Bloch, and F. Ichinose, “Inhaled nitric oxide improves outcomes after successful cardiopulmonary resuscitation in mice,” Circulation 124(15), 1645–1653 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Comput. Med. Imaging Graph. (1)

M. E. Brandt, T. P. Bohan, L. A. Kramer, and J. M. Fletcher, “Estimation of CSF, white and gray matter volumes in hydrocephalic children using fuzzy clustering of MR images,” Comput. Med. Imaging Graph. 18(1), 25–34 (1994).
[Crossref] [PubMed]

Comput. Methods Programs Biomed. (1)

L. Wang, S. L. Jacques, and L. Zheng, “MCML--Monte Carlo modeling of light transport in multi-layered tissues,” Comput. Methods Programs Biomed. 47(2), 131–146 (1995).
[Crossref] [PubMed]

Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. (1)

S. A. Prahl, M. Keijzer, S. L. Jacques, and A. J. Welch, “A Monte Carlo model of light propagation in tissue,” Dosim. Laser Radiat. Med. Biol. 5, 102–111 (1989).

Eur. J. Neurosci. (1)

S. Royer, B. V. Zemelman, M. Barbic, A. Losonczy, G. Buzsáki, and J. C. Magee, “Multi-array silicon probes with integrated optical fibers: light-assisted perturbation and recording of local neural circuits in the behaving animal,” Eur. J. Neurosci. 31(12), 2279–2291 (2010).
[Crossref] [PubMed]

Front. Neuroanat. (1)

Y. Ma, D. Smith, P. R. Hof, B. Foerster, S. Hamilton, S. J. Blackband, M. Yu, and H. Benveniste, “In vivo 3D digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Front. Neuroanat. 2, 1 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Front. Neuroinform. (1)

P. A. Valdés-Hernández, A. Sumiyoshi, H. Nonaka, R. Haga, E. Aubert-Vásquez, T. Ogawa, Y. Iturria-Medina, J. J. Riera, and R. Kawashima, “An in vivo MRI template set for morphometry, tissue segmentation, and fMRI localization in rats,” Front. Neuroinform. 5, 26 (2011).
[PubMed]

IEEE J. Quantum Electron. (1)

W. F. Cheong, S. A. Prahl, and A. J. Welch, “A review of the optical properties of biological tissues,” IEEE J. Quantum Electron. 26(12), 2166–2185 (1990).
[Crossref]

IEEE Rev.Biomed. Eng. (1)

R. Pashaie, P. Anikeeva, J. H. Lee, R. Prakash, O. Yizhar, M. Prigge, D. Chander, T. J. Richner, and J. Williams, “Optogenetic brain interfaces,” IEEE Rev.Biomed. Eng. 7, 3–30 (2014).

J. Biomed. Opt. (4)

L. Dai, Z. Qian, K. Li, T. Yang, and H. Wang, “In vivo detection of reduced scattering coefficient of C6 glioma in rat brain tissue by near-infrared spectroscopy,” J. Biomed. Opt. 13(4), 044003 (2008).
[Crossref] [PubMed]

J. D. Johansson, “Spectroscopic method for determination of the absorption coefficient in brain tissue,” J. Biomed. Opt. 15(5), 057005 (2010).
[Crossref] [PubMed]

M. Azimipour, R. Baumgartner, Y. Liu, S. L. Jacques, K. Eliceiri, and R. Pashaie, “Extraction of optical properties and prediction of light distribution in rat brain tissue,” J. Biomed. Opt. 19(7), 075001 (2014).
[Crossref] [PubMed]

A. Taddeucci, F. Martelli, M. Barilli, M. Ferrari, and G. Zaccanti, “Optical properties of brain tissue,” J. Biomed. Opt. 1(1), 117–123 (1996).
[Crossref] [PubMed]

J. Comput. Assist. Tomogr. (1)

K. O. Lim and A. Pfefferbaum, “Segmentation of MR brain images into cerebrospinal fluid spaces, white and gray matter,” J. Comput. Assist. Tomogr. 13(4), 588–593 (1989).
[Crossref] [PubMed]

J. Neural Eng. (2)

N. Grossman, V. Poher, M. S. Grubb, G. T. Kennedy, K. Nikolic, B. McGovern, R. Berlinguer Palmini, Z. Gong, E. M. Drakakis, M. A. Neil, M. D. Dawson, J. Burrone, and P. Degenaar, “Multi-site optical excitation using ChR2 and micro-LED array,” J. Neural Eng. 7(1), 016004 (2010).
[Crossref] [PubMed]

A. M. Aravanis, L. P. Wang, F. Zhang, L. A. Meltzer, M. Z. Mogri, M. B. Schneider, and K. Deisseroth, “An optical neural interface: in vivo control of rodent motor cortex with integrated fiberoptic and optogenetic technology,” J. Neural Eng. 4(3), S143–S156 (2007).
[Crossref] [PubMed]

J. Neurosci. (1)

K. Deisseroth, G. Feng, A. K. Majewska, G. Miesenböck, A. Ting, and M. J. Schnitzer, “Next-generation optical technologies for illuminating genetically targeted brain circuits,” J. Neurosci. 26(41), 10380–10386 (2006).
[Crossref] [PubMed]

Nat. Methods (2)

K. Deisseroth, “Optogenetics,” Nat. Methods 8(1), 26–29 (2011).
[Crossref] [PubMed]

J. Schindelin, I. Arganda-Carreras, E. Frise, V. Kaynig, M. Longair, T. Pietzsch, S. Preibisch, C. Rueden, S. Saalfeld, B. Schmid, J. Y. Tinevez, D. J. White, V. Hartenstein, K. Eliceiri, P. Tomancak, and A. Cardona, “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis,” Nat. Methods 9(7), 676–682 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Nat. Neurosci. (1)

E. S. Boyden, F. Zhang, E. Bamberg, G. Nagel, and K. Deisseroth, “Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity,” Nat. Neurosci. 8(9), 1263–1268 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Nat. Rev. Neurosci. (1)

K. M. Tye and K. Deisseroth, “Optogenetic investigation of neural circuits underlying brain disease in animal models,” Nat. Rev. Neurosci. 13(4), 251–266 (2012).
[Crossref] [PubMed]

Nature (2)

K. M. Tye, J. J. Mirzabekov, M. R. Warden, E. A. Ferenczi, H.-C. Tsai, J. Finkelstein, S.-Y. Kim, A. Adhikari, K. R. Thompson, A. S. Andalman, L. A. Gunaydin, I. B. Witten, and K. Deisseroth, “Dopamine neurons modulate neural encoding and expression of depression-related behaviour,” Nature 493(7433), 537–541 (2012).
[Crossref] [PubMed]

E. S. Lein, M. J. Hawrylycz, N. Ao, M. Ayres, A. Bensinger, A. Bernard, A. F. Boe, M. S. Boguski, K. S. Brockway, E. J. Byrnes, L. Chen, L. Chen, T. M. Chen, M. C. Chin, J. Chong, B. E. Crook, A. Czaplinska, C. N. Dang, S. Datta, N. R. Dee, A. L. Desaki, T. Desta, E. Diep, T. A. Dolbeare, M. J. Donelan, H. W. Dong, J. G. Dougherty, B. J. Duncan, A. J. Ebbert, G. Eichele, L. K. Estin, C. Faber, B. A. Facer, R. Fields, S. R. Fischer, T. P. Fliss, C. Frensley, S. N. Gates, K. J. Glattfelder, K. R. Halverson, M. R. Hart, J. G. Hohmann, M. P. Howell, D. P. Jeung, R. A. Johnson, P. T. Karr, R. Kawal, J. M. Kidney, R. H. Knapik, C. L. Kuan, J. H. Lake, A. R. Laramee, K. D. Larsen, C. Lau, T. A. Lemon, A. J. Liang, Y. Liu, L. T. Luong, J. Michaels, J. J. Morgan, R. J. Morgan, M. T. Mortrud, N. F. Mosqueda, L. L. Ng, R. Ng, G. J. Orta, C. C. Overly, T. H. Pak, S. E. Parry, S. D. Pathak, O. C. Pearson, R. B. Puchalski, Z. L. Riley, H. R. Rockett, S. A. Rowland, J. J. Royall, M. J. Ruiz, N. R. Sarno, K. Schaffnit, N. V. Shapovalova, T. Sivisay, C. R. Slaughterbeck, S. C. Smith, K. A. Smith, B. I. Smith, A. J. Sodt, N. N. Stewart, K. R. Stumpf, S. M. Sunkin, M. Sutram, A. Tam, C. D. Teemer, C. Thaller, C. L. Thompson, L. R. Varnam, A. Visel, R. M. Whitlock, P. E. Wohnoutka, C. K. Wolkey, V. Y. Wong, M. Wood, M. B. Yaylaoglu, R. C. Young, B. L. Youngstrom, X. F. Yuan, B. Zhang, T. A. Zwingman, and A. R. Jones, “Genome-wide atlas of gene expression in the adult mouse brain,” Nature 445(7124), 168–176 (2007).
[Crossref] [PubMed]

Neurobiol. Dis. (1)

S. J. Sawiak, N. I. Wood, G. B. Williams, A. J. Morton, and T. A. Carpenter, “Voxel-based morphometry in the R6/2 transgenic mouse reveals differences between genotypes not seen with manual 2D morphometry,” Neurobiol. Dis. 33(1), 20–27 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Neuroimage (2)

H. G. Schnack, H. E. H. Pol, W. F. Baaré, W. G. Staal, M. A. Viergever, and R. S. Kahn, “Automated separation of gray and white matter from MR images of the human brain,” Neuroimage 13(1), 230–237 (2001).

A. E. Dorr, J. P. Lerch, S. Spring, N. Kabani, and R. M. Henkelman, “High resolution three-dimensional brain atlas using an average magnetic resonance image of 40 adult C57Bl/6J mice,” Neuroimage 42(1), 60–69 (2008).
[Crossref] [PubMed]

Neuron (1)

O. Yizhar, L. E. Fenno, T. J. Davidson, M. Mogri, and K. Deisseroth, “Optogenetics in neural systems,” Neuron 71(1), 9–34 (2011).
[Crossref] [PubMed]

Neuroscience (1)

Y. Ma, P. R. Hof, S. C. Grant, S. J. Blackband, R. Bennett, L. Slatest, M. D. McGuigan, and H. Benveniste, “A three-dimensional digital atlas database of the adult C57BL/6J mouse brain by magnetic resonance microscopy,” Neuroscience 135(4), 1203–1215 (2005).
[Crossref] [PubMed]

Opt. Express (1)

Opt. Lett. (2)

Photochem. Photobiol. (1)

S. L. Jacques, “Light distributions from point, line and plane sources for photochemical reactions and fluorescence in turbid biological tissues,” Photochem. Photobiol. 67(1), 23–32 (1998).
[Crossref] [PubMed]

Phys. Med. Biol. (4)

H. Shen and G. Wang, “A tetrahedron-based inhomogeneous Monte Carlo optical simulator,” Phys. Med. Biol. 55(4), 947–962 (2010).
[Crossref] [PubMed]

S. C. Gebhart, W. C. Lin, and A. Mahadevan-Jansen, “In vitro determination of normal and neoplastic human brain tissue optical properties using inverse adding-doubling,” Phys. Med. Biol. 51(8), 2011–2027 (2006).
[Crossref] [PubMed]

A. N. Yaroslavsky, P. C. Schulze, I. V. Yaroslavsky, R. Schober, F. Ulrich, and H.-J. Schwarzmaier, “Optical properties of selected native and coagulated human brain tissues in vitro in the visible and near infrared spectral range,” Phys. Med. Biol. 47(12), 2059–2073 (2002).
[Crossref] [PubMed]

S. L. Jacques, “Optical properties of biological tissues: a review,” Phys. Med. Biol. 58(11), R37–R61 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Phys. Rev. Lett. (1)

A. Kienle, “Anisotropic light diffusion: an oxymoron?” Phys. Rev. Lett. 98(21), 218104 (2007).
[Crossref] [PubMed]

PLoS One (2)

S. I. Al-Juboori, A. Dondzillo, E. A. Stubblefield, G. Felsen, T. C. Lei, and A. Klug, “Light Scattering Properties Vary across Different Regions of the Adult Mouse Brain,” PLoS One 8(7), e67626 (2013).
[Crossref] [PubMed]

A. Rumple, M. McMurray, J. Johns, J. Lauder, P. Makam, M. Radcliffe, and I. Oguz, “3-Dimensional Diffusion Tensor Imaging (DTI) Atlas of the Rat Brain,” PLoS One 8(7), e67334 (2013).
[Crossref] [PubMed]

Proc SPIE (1)

J. G. Bernstein, X. Han, M. A. Henninger, E. Y. Ko, X. Qian, G. T. Franzesi, J. P. McConnell, P. Stern, R. Desimone, and E. S. Boyden, “Prosthetic systems for therapeutic optical activation and silencing of genetically-targeted neurons,” Proc SPIE 6854, 68540H (2008).
[Crossref] [PubMed]

Science (1)

V. Gradinaru, M. Mogri, K. R. Thompson, J. M. Henderson, and K. Deisseroth, “Optical deconstruction of parkinsonian neural circuitry,” Science 324(5925), 354–359 (2009).
[Crossref] [PubMed]

Other (8)

H. Tejeda, T. Li, and S. Mohanty, “Comparison between Bessel and Gaussian beam propagation for in-depth optogenetic stimulation,” in SPIE BiOS (2013), p. 85860G–85860G.

L. Gu, K. Dhakal, T. Li, and S. Mohanty, “Shining new light on optogenetics,” in SPIE BiOS (2012), pp. 820764–820764.

S. Sawiak, “SPM Mouse,” http://www.spmmouse.org/ .

G. Paxinos, The Mouse Brain in Stereotaxic Coordinates (Academic press, 2004).

P. Van der Zee, “Measurement and modelling of the optical properties of human tissue in the near infrared,” University of London (1992).

P. van der Zee, M. Essenpreis, and D. T. Delpy, “Optical properties of brain tissue,” in OE/LASE’93: Optics, Electro-Optics, & Laser Applications in Science& Engineering (International Society for Optics and Photonics, 1993), pp. 454–465.

“SPM software - Statistical Parametric Mapping,” http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/ .

W. Gottschalk, “Ein Messverfahren zur Bestimmung der Optischen Parameter biologischer Gewebe in vitro Dissertation 93 HA8984 Universitaet Fridriciana,” Karlsruhe (1992).

Cited By

OSA participates in Crossref's Cited-By Linking service. Citing articles from OSA journals and other participating publishers are listed here.

Alert me when this article is cited.


Figures (4)

Fig. 1
Fig. 1 Optical properties of gray matter and white matter of brain tissue from generic model and literatures. Solid lines are model (see Table 1). Symbols are experimental data. (A) Reduced scattering coefficient shows a significant difference between gray matter(GM) and white matter(WM); (B) Absorption coefficient of model assumes an in vivo blood content (cyan curve), which differs from literature values based on ex vivo samples (symbols).
Fig. 2
Fig. 2 Brain tissue heterogeneity affects the light distribution (demonstration 1). The fluence rate map ϕ, the iso-ϕ contours, and the attenuation show the change of the light distribution pattern between heterogeneous brain tissue and homogeneous brain gray matter. (A) coronal slice of the original atlas, (B) heterogeneous tissue type atlas on OptogenSIM, (C) artificial homogeneous gray matter volume, (D,E) shows the fluence map and contours in the heterogeneous brain model, (G, H) shows the fluence map and contours in the homogeneous gray matter. A collimated flat beam from a 200-μm-diameter optical fiber was used with its center located at (0, 0, 0.2467) indicated as red star “*” in (A, B, C). The fluence contour maps (E), (H) show iso-fluence rate lines at 50%, 10%, 5% and 1% of the maximum fluence. (F) The axial fluence distribution from the fiber tip. (I) The ratio of axial fluences between homogeneous tissue and heterogeneous tissue, ϕHomHet. For the color map in (B), Magenta = CSF; Grey = gray matter; cyan = white matter; black = background. The light wavelength was set to 473nm and the simulation time was 10 minutes and ~1x106 photons were launched. The optical properties at the wavelength of 473nm can be calculated based on the tissue models listed in Table 1.
Fig. 3
Fig. 3 Brain tissue heterogeneity affects the light distribution (demonstration 2). (A, B, C) show a coronal slice of the original atlas, annotation atlas (B) and tissue type atlas (C) on the simulation platform, respectively; (D, E, F) show light fluence ϕ for fiber position 1 (P1), fiber position 2(P2), and the fluence attenuation for both P1 and P2 in this heterogeneous brain, respectively. P1 is at (0.087, 0.024, 0.2347) illustrated in red “o” in 3A-C, P2 is at (0, 0.024, 0.2112) in blue “o” implanted to a nearby position. The curves in F show the fluence rate along the axial direction as a function of the distance from the fiber tip. Other simulation parameters were set identical to those in Fig. 3. There are 20 different brain regions in (B) which are represented by different colors (the color map is not shown here). The simulation time was 10 minutes and ~1x106 photons were launched.
Fig. 4
Fig. 4 Use of OptogenSIM for a deep brain stimulation with a 10-mW light source delivered by an optical fiber with varying stimulation parameters. (A) An example output window shows four build-in iso-fluence contours with the values of 0.1, 1, 10 and 100 mW/mm2 overlaid on the original atlas in three views (the red line shows the fiber position); (B-E) show the fluence for different wavelength (B), fiber diameter (C), fiber NA (D), and beam profile (E), respectively. Unless explicitly stated, the default stimulation parameters were set as wavelength = 473nm, fiber diameter = 200 μm , NA = 0, and beam profile type = uniform beam. 1× 10 6 photons were launched in the simulations.

Tables (1)

Tables Icon

Table 1 Parameters of generic brain tissue models.

Equations (2)

Equations on this page are rendered with MathJax. Learn more.

μ s ' ( λ )=a ( λ 500( nm ) ) b ,
μ a ( λ )=BS μ a,oxy ( λ )+B( 1S ) μ a,deoxy ( λ )+W μ a,water ( λ ),

Metrics